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[GROMACS] 求助 MD是否可以计算分子体积和表面积

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请教一下各位老师,MD是否能分别计算图中离子液体阴阳离子的范德华体积和分子表面积?有没有相关的教程。

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发表于 Post on 2021-11-15 20:38:01 | 只看该作者 Only view this author
你要求两者分别的体积和表面积,还是两者的总体积、总表面积?因为两者在一起的时候电子云会有一点重叠,总体系的体积和表面积不严格等于离子的体积和表面积之和
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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truffle

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发表于 Post on 2021-11-15 22:28:19 | 只看该作者 Only view this author
好像不关MD什么事,可以看看Sob老师博文
谈谈分子体积的计算http://sobereva.com/102
使用Multiwfn和VMD计算分子表面积和片段表面积http://sobereva.com/487
使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴http://sobereva.com/426
No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

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4#
发表于 Post on 2021-11-15 23:12:40 | 只看该作者 Only view this author
这跟MD没有关系
怎么算你截图里的面积和体积,3L的链接里已经说了。
如果你是要算MD过程中每一帧的面积和体积,可以自己写批处理脚本,循环对每一帧调用Multiwfn做计算和提取数据,参考
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-16 08:39:49 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-15 20:38
你要求两者分别的体积和表面积,还是两者的总体积、总表面积?因为两者在一起的时候电子云会有一点重叠,总 ...

谢谢老师,我是要计算两者的总体积,因为后续是要把阴阳离子作为一个整体定义
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-16 08:40:43 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2021-11-15 22:28
好像不关MD什么事,可以看看Sob老师博文
谈谈分子体积的计算http://sobereva.com/102
使用Multiwfn和VMD ...

谢谢老师,我学习一下
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-16 08:41:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-15 23:12
这跟MD没有关系
怎么算你截图里的面积和体积,3L的链接里已经说了。
如果你是要算MD过程中每一帧的面积和 ...

谢谢老师,我学习一下
钱塘江上潮信来,今日方知我是我。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-17 17:21:45 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-15 20:38
你要求两者分别的体积和表面积,还是两者的总体积、总表面积?因为两者在一起的时候电子云会有一点重叠,总 ...

再请问老师,如果我要计算离子液体的总体积和表面积,可以拿优化出来的几何构型直接计算吗?
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发表于 Post on 2021-11-17 18:11:09 | 只看该作者 Only view this author
晓滨MD 发表于 2021-11-17 10:21
再请问老师,如果我要计算离子液体的总体积和表面积,可以拿优化出来的几何构型直接计算吗?

要做构型搜索,确保计算用的是最稳定构型
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-19 17:13:50 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-17 18:11
要做构型搜索,确保计算用的是最稳定构型

好的,谢谢老师
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