Gromacs 成品MD前的平衡判断问题

uenh1998 · 发表于 Post on 2021-11-18 23:23:59

本帖最后由 uenh1998 于 2021-11-19 08:08 编辑

请问各位老师，这里有一些关于Gromacs平衡标准的判断问题想问一下老师。

这幅图是我最近做不同电场下酶蛋白与配体的动力学模拟以后，算的RMSD曲线，模拟进行了1ns。
对于紫色的0V/nm的曲线，可以看到模拟后期RMSD的幅度有降低的趋势。通过RMSD的波动程度是否可以认为成品模拟前一系列的平衡操作没有问题呢？

如果有问题的话，请问老师一般MD模拟到后期，体系RMSD的上下波动幅度在多大时可以认为前面的平衡操作没问题。

我是Gromacs萌新一枚，培训班还在等，有些知识还请各位老师指点，感谢各位！

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-19 06:16:25

有没有问题不是光从一个抽象的RMSD曲线上判断。至少也得肉眼看看轨迹，看看蛋白质构象有无问题

uenh1998 · 发表于 Post on 2021-11-19 08:10:49

本帖最后由 uenh1998 于 2021-11-19 08:15 编辑

sobereva 发表于 2021-11-19 06:16
有没有问题不是光从一个抽象的RMSD曲线上判断。至少也得肉眼看看轨迹，看看蛋白质构象有无问题

嗯我仔细看看轨迹。
那老师请问，如果RMSD随着模拟时间一直增大，那么可不可以认为长时间以后蛋白构象就完全变了？比如这个图里的上面两条曲线。前提是RMSD随时间一直增大。

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-20 07:27:31

uenh1998 发表于 2021-11-19 08:10
嗯我仔细看看轨迹。
那老师请问，如果RMSD随着模拟时间一直增大，那么可不可以认为长时间以后蛋白构象就 ...

还是我前面说的，别光看曲线

比如你在VMD里每隔1000帧叠加显示一次，按照timestep来着色，就可以清楚判断蛋白质结构怎么变化的（比如下文，以这种方式体现了模拟过程中18碳环的变形），如果确实逐渐发生肉眼可见的结构改变，那你可以结合RMSD一起说确实变形了
揭示各种新奇的碳环体系的振动特征
http://sobereva.com/578（http://bbs.keinsci.com/thread-20919-1-1.html）

uenh1998 · 发表于 Post on 2021-11-20 10:39:18

本帖最后由 uenh1998 于 2021-11-20 10:46 编辑

sobereva 发表于 2021-11-20 07:27
还是我前面说的，别光看曲线

比如你在VMD里每隔1000帧叠加显示一次，按照timestep来着色，就可以清楚 ...

老师文章的18碳环其实并不太大。那么这种方法对于我这个12万原子的体系，也能做吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-21 06:16:02

uenh1998 发表于 2021-11-20 10:39
老师文章的18碳环其实并不太大。那么这种方法对于我这个12万原子的体系，也能做吗？

当然能做
上百万原子的情况VMD都能显示

uenh1998 · 发表于 Post on 2021-11-22 14:55:11

sobereva 发表于 2021-11-21 06:16
当然能做
上百万原子的情况VMD都能显示

感谢老师，我试下。

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