求助关于RMSF重现性的问题

溪临昭煌 · 发表于 Post on 2021-11-20 09:44:36

各位老师好，我最近在计算一个野生酶和突变体的RMSF值并进行比较，但是野生酶的RMSF值之前已经有人算过，我就选择和这个人一样的力场参数，温度，压强进行计算，但是发现我算出来的RMSF值峰值分布和之前那个人的结果不一样，请问各位老师：1.这种情况正常吗

2.这种情况下我的数据还能用吗

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-20 13:56:29

光凭这些信息没法说。既有可能你的模拟不对，也有可能那个人的数据本身有问题，也有可能实际上你和他的做法都一致，但由于MD可重现性本身问题导致RMSF有差异（同一个体系以相同方式跑两次，RMSF也可能有可查觉的不同。参考《数值误差对计算化学结果重现性的影响》http://sobereva.com/88）

如果你确信你的参数、模拟流程什么都没问题，就别管别人的数据。而且你最好对同一个体系跑多次（每次初速度都随机分布），看看是否RMSF的结果每次都差不多，要不然没法可靠地考察突变产生的影响。

溪临昭煌 · 发表于 Post on 2021-11-20 22:54:20

sobereva 发表于 2021-11-20 13:56
光凭这些信息没法说。既有可能你的模拟不对，也有可能那个人的数据本身有问题，也有可能实际上你和他的做法 ...

谢谢老师指点。拜读了您分享的链接之后我还有几个问题：对于这个蛋白计算的RMSF值是为了设计提升蛋白热稳定性的突变，之前那个人计算出了RMSF值并且改造了峰值的两个点，成功提升了热稳定性，但是我在计算的时候这两个点并不处于峰值，有一个甚至处于较低值，这个现象和实验的对应是不是说明我的MD结果是错误的呢？（那个人之前算的时候用了CHARMM力场，298K，100ns，我是CHARMM36力场，300K，20ns）计算的时间不一样会不会导致这种差别呢

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-21 06:12:54

溪临昭煌发表于 2021-11-20 22:54
谢谢老师指点。拜读了您分享的链接之后我还有几个问题：对于这个蛋白计算的RMSF值是为了设计提升蛋白热稳 ...

反正能和原作者统一的都尽量统一，现在的计算条件再多跑80ns根本不值得一提。
如果和原作者已经尽可能统一了但还是重复不出原作者数据，那你最好直接发邮件向原作者问问更多细节

溪临昭煌 · 发表于 Post on 2021-11-21 10:19:52

sobereva 发表于 2021-11-21 06:12
反正能和原作者统一的都尽量统一，现在的计算条件再多跑80ns根本不值得一提。
如果和原作者已经尽可能统 ...

明白了，谢谢老师指点

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