关于GROMACS力场中定义新氨基酸的问题

xuxu · 发表于 Post on 2021-11-22 15:58:59

请问各位老师，我定义了一个新的残基类型，修改了hdb,rtp,和residuestype.dat这三个文件，但依然报错，请问我是漏掉了哪个文件没有修改吗，谢谢

panernie · 发表于 Post on 2021-11-22 16:48:36

把错误贴出来

xuxu · 发表于 Post on 2021-11-22 16:58:49

错误显示的不对，实际就是力场文件有问题
error： residue 523 named MB of a molecule in the input file was mapped to an entry in the topology database,but the atom N used in an interaction of type improper in that entry is not found in the input file .Perhaps your atom and/or residue naming needs to be fixed

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-23 08:34:35

xuxu 发表于 2021-11-22 16:58
错误显示的不对，实际就是力场文件有问题
error： residue 523 named MB of a molecule in the input file ...

检查结构文件里相应残基里的原子名和rtp里相应残基的原子名的对应关系

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