基于amber的MCPB.py构建含金属离子蛋白的力场参数

z9527567

lq780928 发表于 2022-8-30 07:06
请问，在哪里找到的？请指点一下，谢谢你了

在$AMBERHOME/dat/leap/lib/atomic_ions.lib里定义了，直接在leap里loadoff atomic_ions.lib就行，注意里边有二价铁和三价铁。

sunmeng

老师，请问 如果要指定金属离子和哪些原子结合是要怎么做呢？（还是不可指定呢）

casea

sunmeng 发表于 2023-3-15 10:32
老师，请问 如果要指定金属离子和哪些原子结合是要怎么做呢？（还是不可指定呢）

见第5步是如何生成topol文件的
使用bond指定成键

1. bond mol.169.NE2 mol.291.FE
   
2. bond mol.174.NE2 mol.291.FE
   
3. bond mol.214.OE2 mol.291.FE
   
4. bond mol.168.C mol.169.N
   
5. bond mol.169.C mol.170.N
   
6. bond mol.173.C mol.174.N
   
7. bond mol.174.C mol.175.N
   
8. bond mol.213.C mol.214.N
   
9. bond mol.214.C mol.215.N
   

复制代码

dayu8278

您好！

我在运行antechamber -fi pdb -fo mol2 -i WAT_H.pdb -o WAT.mol2 -at amber -c bcc -pf y这一步时，amber报错了。

报错信息为：

Welcome to antechamber 22.0: molecular input file processor.

Info: acdoctor mode is on: check and diagnose problems in the input file.
Info: The atom type is set to amber; the options available to the -at flag are
      gaff, gaff2, amber, bcc, and sybyl.

-- Check Format for pdb File --
   Status: pass
Warning: Detected more than 10 Residue sequence numbers;
         this may be a large multiple residue PDB file;
         large multiple residue PDB files are not supported.
         This warning usually indicates a conceptual misunderstanding.
         We recommend reviewing the Information flow in Amber documentation
         and the antechamber tutorials.
         Continuing, but problems may be encountered.
-- Check Unusual Elements --
   Status: pass
-- Check Open Valences --
   Status: pass
-- Check Geometry --
      for those bonded   
      for those not bonded   
   Status: pass
-- Check Weird Bonds --
   Status: pass
-- Check Number of Units --
/opt/mamba/envs/AmberTools22/bin/wrapped_progs/antechamber: Fatal Error!
This molecule may have more than one unit.
       antechamber can only handle one unit.  If the input is a single unit
       then the connectivity is wrong and the geometry may be bad.
       Please convert your molecule to a mol2 file via:
       antechamber -j 5 -at sybyl -dr no
       And then check your molecule with a visualization program;
       manually add missing bonds or delete unwanted bonds as appropriate.

我使用wat_tleap.in脚本对WAT.pdb加氢后的水文件WAT_H.pdb中水分子格式大致为：
ATOM      1  O   WAT     1      44.426  25.269  23.516  1.00  0.00
ATOM      2  H1  WAT     1      45.383  25.269  23.516  1.00  0.00
ATOM      3  H2  WAT     1      44.186  26.196  23.516  1.00  0.00
TER   
ATOM      4  O   WAT     2      34.238  31.812  45.122  1.00  0.00
ATOM      5  H1  WAT     2      35.195  31.812  45.122  1.00  0.00
ATOM      6  H2  WAT     2      33.998  32.739  45.122  1.00  0.00
TER   
ATOM      7  O   WAT     3      35.805  24.387  48.950  1.00  0.00
ATOM      8  H1  WAT     3      36.762  24.387  48.950  1.00  0.00
ATOM      9  H2  WAT     3      35.565  25.314  48.950  1.00  0.00
TER   
ATOM     10  O   WAT     4      43.121  54.497  38.143  1.00  0.00
ATOM     11  H1  WAT     4      44.078  54.497  38.143  1.00  0.00
ATOM     12  H2  WAT     4      42.881  55.424  38.143  1.00  0.00
TER   
。。。。。

请问怎么解决，谢谢

casea

dayu8278 发表于 2023-4-25 19:28
您好！

我在运行antechamber -fi pdb -fo mol2 -i WAT_H.pdb -o WAT.mol2 -at amber -c bcc -pf y这一步 ...

amtechamber只支持单个分子，你想在模型中保留多个水，只需要创建一个水分子的top就行了。

dayu8278

casea 发表于 2023-4-26 11:40
amtechamber只支持单个分子，你想在模型中保留多个水，只需要创建一个水分子的top就行了。

谢谢老师，保留任意一个都可以吗？

casea

dayu8278 发表于 2023-4-27 18:33
谢谢老师，保留任意一个都可以吗？

是的，你的水分子的分子名以及原子类型都一样，因此只需制作单个水分子的top就行了。之后无论体系内有多少水，都会使用该top。可以看一下top的使用原理

dayu8278

casea 发表于 2023-4-28 07:33
是的，你的水分子的分子名以及原子类型都一样，因此只需制作单个水分子的top就行了。之后无论体系内有多 ...

谢谢老师

liu19950830

nianbin 发表于 2022-3-22 16:26
现在有了卢老师的sobtop了，这个基本可以被替代了

就是我也是金属蛋白与配体模拟。然后是3个金属镁离子与5个氨基酸的原子和配体的原子形成配位，请问用sobtop怎么构建拓扑进行GROMACS模拟。万分感谢，期待您的回复

1009836241

请问一下 我的蛋白结晶里面有两个镁和一个钠 在用MCPB.py时 执行第一步出现报错
***Creating the small model...
It contains the residue 41-ASP as sidechain coordinated.
It contains the residue 147-GLU as sidechain coordinated.
Creating the residue 193-SER into ACE...
Creating the residue 194-ALA into NME...
It contains the residue 202-ASP as sidechain coordinated.
It contains the residue 250-NA as normal.
It contains the residue 251-MG1 as normal.
It contains the residue 252-MG2 as normal.
It contains the residue 253-ATP as normal.
It contains the residue 254-nam as normal.
It contains the residue 255-W1 as normal.
It contains the residue 256-W2 as normal.
It contains the residue 257-W3 as normal.
It contains the residue 258-W4 as normal.
Totally there are 138 atoms in the small model.
Traceback (most recent call last):
  File "/root/miniconda3/envs/AmberTools23/bin/MCPB.py", line 651, in <module>
    gene_model_files(orpdbf, ionids, addres, addbpairs, gname, ff_choice,
  File "/root/miniconda3/envs/AmberTools23/lib/python3.12/site-packages/pymsmt/mcpb/gene_model_files.py", line 1902, in gene_model_files
    build_small_model(mol, reslist, ionids, cutoff, smresids, smresace, smresnme,
  File "/root/miniconda3/envs/AmberTools23/lib/python3.12/site-packages/pymsmt/mcpb/gene_model_files.py", line 1380, in build_small_model
    AtNum = Atnum[gatm.element]
            ~~~~~^^^^^^^^^^^^^^
KeyError: 'M'
但是我将其中一个镁删去MCPB.py就可以执行了 老师们知道怎么回事吗？

t11b41

感谢您分享的教程，非常有帮助。
现在已经按照教程成功生成了top和crd文件，自动输出的pdb看着是正常的，使用ambpdb重新生成的pdb文件结构也是正常的。但是使用vmd读取top和crd文件检查成键参数时结构是乱的，想请问问题出在哪里了？
top和crd文件随附件上传。

YuhangYao

1009836241 发表于 2024-1-1 20:43
请问一下 我的蛋白结晶里面有两个镁和一个钠 在用MCPB.py时 执行第一步出现报错
***Creating the small mo ...

请问你有解决多个金属的问题吗？

M107

老师您好，想问一下在使用pdb4amber重新标号时出现以下报错：
==================================================
Summary of pdb4amber for: 1mlw_H.pdb
===================================================
Traceback (most recent call last):
  File "/opt/anaconda3/envs/AmberTools23/bin/pdb4amber", line 33, in <module>
    sys.exit(load_entry_point('pdb4amber==22.0', 'console_scripts', 'pdb4amber')())
             ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "/opt/anaconda3/envs/AmberTools23/lib/python3.12/site-packages/pdb4amber/pdb4amber.py", line 819, in main
    run(
  File "/opt/anaconda3/envs/AmberTools23/lib/python3.12/site-packages/pdb4amber/pdb4amber.py", line 516, in run
    parm = parmed.read_PDB(pdbin)
           ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "/opt/anaconda3/envs/AmberTools23/lib/python3.12/site-packages/parmed/formats/pdb.py", line 447, in parse
    inst.struct.assign_bonds()
  File "/opt/anaconda3/envs/AmberTools23/lib/python3.12/site-packages/parmed/structure.py", line 886, in assign_bonds
    templ = _res_in_templlib(res, all_residues)
            ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "/opt/anaconda3/envs/AmberTools23/lib/python3.12/site-packages/parmed/structure.py", line 4302, in _res_in_templlib
    if residue.DNAResidue.has(res.name):
       ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "/opt/anaconda3/envs/AmberTools23/lib/python3.12/site-packages/parmed/residue.py", line 51, in has
    cls.get(thing)
  File "/opt/anaconda3/envs/AmberTools23/lib/python3.12/site-packages/parmed/residue.py", line 216, in get
    if key[-1] in '35':
       ~~~^^^^
IndexError: string index out of range

想问一下老师这个报错是怎么回事呢，需要怎样解决？

不甚感激！！

light_123

M107 发表于 2024-9-26 16:00
老师您好，想问一下在使用pdb4amber重新标号时出现以下报错：
========================================= ...

您好，我也遇到了这样的问题，想问下您解决了吗？

Joysharing

想请问一下各位老师，最后一步使用parmed将amber文件转换为gromacs文件出现这种情况怎么办呢，下面是报错文件，326,SC1是一个与FE配位的配体，5004是FE的位置，所以这里Could not find <Atom C1 [5004]; In SC1 326>我不太明白
Traceback (most recent call last):
  File "E:\bioalign\amber-gro.py", line 8, in <module>
    amber.save('CAS2-PC-1112_solv.gro')
  File "C:\Users\97490\anaconda3\envs\align\lib\site-packages\parmed\structure.py", line 1540, in save
    gromacs.GromacsGroFile.write(self, fname, **kwargs)
  File "C:\Users\97490\anaconda3\envs\align\lib\site-packages\parmed\gromacs\gromacsgro.py", line 289, in write
    raise RuntimeError(f"Could not find {atom}")
RuntimeError: Could not find <Atom C1 [5004]; In SC1 326>