基于amber的MCPB.py构建含金属离子蛋白的力场参数

sun877469558

kepler_ye 发表于 2022-3-22 11:49
source leaprc.protein.ff19SB
source leaprc.gaff
source leaprc.water.tip3p

我当时遇到的问题就是

把教程中的
HBI =loadmol2 HBI.mol2
saveoff HBI HBI.lib

添加到

“loadamberparams HBI.frcmod”
之前，就可以了

但我不知道这样合理不

18217265596

请问在哪里能找到这个py支持的离子类型列表吗

18217265596

18217265596 发表于 2022-4-15 22:15
请问在哪里能找到这个py支持的离子类型列表吗

我看了文章 找到了

z9527567

请问血红素铁在amber力场里有吗？

casea

z9527567 发表于 2022-6-2 19:23
请问血红素铁在amber力场里有吗？

如果没记错的话。amber力场中是有的

z9527567

casea 发表于 2022-6-3 08:35
如果没记错的话。amber力场中是有的

好的，感谢大佬解惑，找到了

hangmint

金属蛋白用非键模型是不是稍微好一点？

fitterluo

您好，请问如果蛋白质体系里面有两个不同价态的铜原子，怎样生成相应的金属参数，另外在leap.in 文件里面输入set CU.1.1  element Cu ，能否设置cu的价态呢？，希望得到您的回复。

Couriosity

nianbin 发表于 2022-3-22 16:26
现在有了卢老师的sobtop了，这个基本可以被替代了

请问在哪里看卢老师的sobtop呢？可否po个链接

Frozen-Penguin

Couriosity 发表于 2022-8-5 15:42
请问在哪里看卢老师的sobtop呢？可否po个链接

http://sobereva.com/soft/Sobtop/

Couriosity

Frozen-Penguin 发表于 2022-8-5 16:04
http://sobereva.com/soft/Sobtop/

非常感谢~

SuXXXX

老师您好，我在做自己体系的过程中，遇到了问题，下面是tleap文件：
source leaprc.protein.ff19SB
source leaprc.gaff
source leaprc.water.opc
addAtomTypes {
        { "M1"  "Fe" "sp3" }
        { "Y1"  "N" "sp3" }
        { "Y2"  "O" "sp3" }
        { "Y3"  "N" "sp3" }
        { "Y4"  "O" "sp3" }
        { "Y5"  "O" "sp3" }
        { "Y6"  "O" "sp3" }
}
HD1 = loadmol2 HD1.mol2
GU1 = loadmol2 GU1.mol2
HD2 = loadmol2 HD2.mol2
FE1 = loadmol2 FE1.mol2
WT1 = loadmol2 WT1.mol2
WT2 = loadmol2 WT2.mol2
WT3 = loadmol2 WT3.mol2
loadamberparams frcmod.ions1lm_126_hfe_opc
loadamberparams 4j1w_mcpbpy.frcmod
mol = loadpdb 4j1w_mcpbpy.pdb
bond mol.134.NE2 mol.389.FE
bond mol.138.OE1 mol.389.FE
bond mol.176.NE2 mol.389.FE
bond mol.389.FE mol.390.O01
bond mol.389.FE mol.391.O02
bond mol.389.FE mol.392.O03
bond mol.133.C mol.134.N
bond mol.134.C mol.135.N
bond mol.137.C mol.138.N
bond mol.138.C mol.139.N
bond mol.175.C mol.176.N
bond mol.176.C mol.177.N
savepdb mol 4j1w_dry.pdb
saveamberparm mol 4j1w_dry.prmtop 4j1w_dry.inpcrd
solvatebox mol OPCBOX 10.0
addions mol Na+ 0
addions mol Cl- 0
savepdb mol 4j1w_solv.pdb
saveamberparm mol 4j1w_solv.prmtop 4j1w_solv.inpcrd
quit

我将该tleap文件交上去，会出现很多warning，请问该如何解决：
/public/software/apps/amber20/bin/teLeap: Warning!
One sided connection. Residue (HD1) missing connect0 atom.

/public/software/apps/amber20/bin/teLeap: Warning!
One sided connection. Residue (default_name) missing connect1 atom.

/public/software/apps/amber20/bin/teLeap: Warning!
One sided connection. Residue (GU1) missing connect0 atom.

/public/software/apps/amber20/bin/teLeap: Warning!
One sided connection. Residue (default_name) missing connect1 atom.

/public/software/apps/amber20/bin/teLeap: Warning!
One sided connection. Residue (HD2) missing connect0 atom.

/public/software/apps/amber20/bin/teLeap: Warning!
One sided connection. Residue (default_name) missing connect1 atom.
  total atoms in file: 5870
Writing pdb file: 4j1w_dry.pdb

/public/software/apps/amber20/bin/teLeap: Warning!
Converting N-terminal residue name to PDB format: NLYS -> LYS

/public/software/apps/amber20/bin/teLeap: Warning!
Converting C-terminal residue name to PDB format: CPHE -> PHE

/public/software/apps/amber20/bin/teLeap: Warning!
Converting N-terminal residue name to PDB format: NLYS -> LYS

/public/software/apps/amber20/bin/teLeap: Warning!
Converting C-terminal residue name to PDB format: CPHE -> PHE
Checking Unit.

/public/software/apps/amber20/bin/teLeap: Warning!
The unperturbed charge of the unit (-17.999999) is not zero.

麻烦老师啦！

casea

SuXXXX 发表于 2022-8-23 16:20
老师您好，我在做自己体系的过程中，遇到了问题，下面是tleap文件：
source leaprc.protein.ff19SB
sourc ...

只要能够正确生成top和crd文件即可，这些警告可以忽视。值得注意的是，新版MCPB使用的力场和水模型都改变了，可以根据自己的需要改变

SuXXXX

casea 发表于 2022-8-23 17:39
只要能够正确生成top和crd文件即可，这些警告可以忽视。值得注意的是，新版MCPB使用的力场和水模型都改变 ...

好的！谢谢您！！

lq780928

z9527567 发表于 2022-6-4 18:59
好的，感谢大佬解惑，找到了

请问，在哪里找到的？请指点一下，谢谢你了