请问这样MD配置是否合理

牧生

Entropy.S.I 发表于 2021-12-22 13:31
我也发现把nstcalcenergy设置大一些可以显著提升速度。以前为了尽可能算准压力相关的量，设置了nstcalcen ...

我的nstcalcenergy设置为100000，体系共93884个原子，188 ns/day，GPU利用率70%左右

Entropy.S.I

牧生 发表于 2021-12-22 13:42
我的nstcalcenergy设置为100000，体系共93884个原子，188 ns/day，GPU利用率70%左右

10万。。。你的任务不需要用gmx energy吗……

牧生

Entropy.S.I 发表于 2021-12-22 13:50
10万。。。你的任务不需要用gmx energy吗……

因为nsteps为1000000000步，所以，nstcalcenergy设置为100000，也是可以的吧。

Entropy.S.I

牧生 发表于 2021-12-22 14:06
因为nsteps为1000000000步，所以，nstcalcenergy设置为100000，也是可以的吧。

我发现100以上速度提升没那么明显，我的任务轨迹长度是200ns，现在用nstcalcenergy=50。
有些量波动特别大，例如压强，这类量需要非常大的采样数，否则统计误差极大，我觉得10万有点过了。。你这2μ秒，可以用500

牧生

Entropy.S.I 发表于 2021-12-22 14:16
我发现100以上速度提升没那么明显，我的任务轨迹长度是200ns，现在用nstcalcenergy=50。
有些量波动特别 ...

谢谢，我之所以把这个值设的很大，是因为想要让产生的轨迹体积小一点。我以前从来没考虑过这个值对某些量（如压强）的影响。
我试了一下，设置1000，或者设置10000，或者更大，速度没有什么变化，预计产生轨迹的体积也没有明显变化。但是设置为200，或者500，预计产生的轨迹体积就明显大多了。。

我以后会注意设定一个合理的值，既不太大，也不太小。