Desmond MD速度又比Amber快不少

darkseal · 发表于 Post on 2021-11-30 12:07:55

忙活了两天安装了schrodinger Maestro 2021.2 linux x64版本。
Desmond 运行了34万原子的体系，10A cut off，其他都是缺省。
速度达到70 ns/day，对比同样硬件（11900KF, 3080Ti）的amber20 38万原子(水分子多一点)的同样体系速度是47 ns/day。
GPU利用率95%以上，CPU也是只用了一个核。

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2021-11-30 13:17:59

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2021-11-30 13:28 编辑

gmx你要争气哦

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-11-30 14:38:53

desmond直接就是免费的，网站上登记一下就好了

sss668800 · 发表于 Post on 2021-12-1 20:31:14

本帖最后由 sss668800 于 2021-12-1 20:34 编辑

Entropy.S.I 发表于 2021-11-30 13:17
gmx你要争气哦

多谢分享，请问这是哪篇文章的测试？gmx咋落后这么多

文章里面有没有Amber的测试？

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2021-12-1 21:05:33

sss668800 发表于 2021-12-1 20:31
多谢分享，请问这是哪篇文章的测试？gmx咋落后这么多
文章里面有没有Amber的测试？

上个月D. E. Shaw团队发表的Anton3文章
https://dl.acm.org/doi/10.1145/3458817.3487397

ExZero · 发表于 Post on 2023-8-2 17:06:55

本帖最后由 ExZero 于 2023-8-3 10:35 编辑

请教楼主，我在schrodinger里用maestro启动desmond跑MD时，multisim模块生成的命令里总是有-maxjob 1 -cpu 1，导致desmond只能用1个线程跑，只能自己从命令行里调用desmond -HOST localhost:4来启动多线程。需要如何设置来使从图形化界面启动任务时也正常的多线程并行呢？

补充，从命令行指定processors启动Desmond后，只有最开始会启动多线程，任务在1分钟内就挂了，试了几次多核并行都是这样。但是从maestro里启动只用1CPU+1GPU是能跑完的

laoman · 发表于 Post on 2023-10-20 17:23:02

喵星大佬发表于 2021-11-30 14:38
desmond直接就是免费的，网站上登记一下就好了

免费的只能用古老的OPLS_2005力场，OPLS3/OPLS4力场还是需要购买相关license才能使用
虽然DE group有相应的python包来让Desmond支持Amber/charmm力场，只是学习成本略高

喵星大佬 · 发表于 Post on 2023-10-20 22:35:02

laoman 发表于 2023-10-20 17:23
免费的只能用古老的OPLS_2005力场，OPLS3/OPLS4力场还是需要购买相关license才能使用
虽然DE group有相 ...

D. E. Shaw Res他们自己的文章里用的都是Amber/Charmm，为啥要用OPLS3/4呢，至少对蛋白核酸又没啥特别的好处

laoman · 发表于 Post on 2023-10-21 03:07:28

喵星大佬发表于 2023-10-20 22:35
D. E. Shaw Res他们自己的文章里用的都是Amber/Charmm，为啥要用OPLS3/4呢，至少对蛋白核酸又没啥特别的 ...

对的，没啥好处，但也没啥坏处，一个字，就是懒

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[综合交流] Desmond MD速度又比Amber快不少

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