GROMACS分析氢键的问题

byqyb · 发表于 Post on 2021-12-1 10:39:45

本帖最后由 byqyb 于 2021-12-1 10:41 编辑

各位老师好，最近一直在学一些gromacs的结果分析。command:gmx hbond -f prodpbc2-1.xtc -s step7_1.tpr -n index.ndx -num -dist -ang -life -nhbdist
对-num输出的结果：第二列为考虑角度和距离的氢键数，第三列为仅考虑距离的氢键数，按理来说第三列的氢键数会更多。但我的结果显示，第三列的数据较第二列更小。请问我应该取哪一个数据更准确？是我的命令有问题吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-3 03:34:39

第三列是指距离小于0.35 nm，但是又不满足当前氢键键角判据的数目。从键角的判据来说，它相当于第2列的补集

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt里我专门说了

byqyb · 发表于 Post on 2021-12-9 11:31:59

sobereva 发表于 2021-12-3 03:34
第三列是指距离小于0.35 nm，但是又不满足当前氢键键角判据的数目。从键角的判据来说，它相当于第2列的补集

噢噢噢好的，我懂啦

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