关于Gaussian各部分代码并行加速程度的问题

Kalinite · 发表于 Post on 2021-12-1 20:54:49

本帖最后由 Kalinite 于 2021-12-4 03:43 编辑

最近用Gaussian16做一个十几个原子有机物的BOMD，产生200个点。变换随机数做了200条轨迹。
用16核算耗时约3h30min，用28核算耗时约3h，虽然有测试表明Gaussian运行时8核效率最高，但是16核仅仅比28核慢了30min，看来Gaussian各部分代码的并行加速差别很大，但不是很了解具体情况，故发帖看看有没有大佬有这方面经验总结。
Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2640 v4 @ 2.40GHz
关键词：
#p bomd=(sample=microcanonical,maxpoints=200) iop(1/44=100xxx) 【xxx=000~199跑了200条轨迹】
m062x/def2svp em=gd3 scrf=solvent=acetonitrile guess=read geom=allcheck

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-3 01:53:52

“Gaussian运行时8核效率最高”没这回事。从平均每个核的效能来说，单核总是效率最高的。如果是从单一任务总耗时来看，不可能核明显更多时比8核还慢。顶多是在核很多的机子下，考虑同时平行运行多个任务，从总耗时上来丈量，才可能是（但不可能总是）8核每任务是最划算的提交方式。

不说具体关键词、CPU，说耗时是没意义的

Kalinite · 发表于 Post on 2021-12-4 03:43:34

sobereva 发表于 2021-12-3 01:53
“Gaussian运行时8核效率最高”没这回事。从平均每个核的效能来说，单核总是效率最高的。如果是从单一任务 ...

抱歉，已经补充了相关信息。

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-4 04:03:04

你的基组很小，体系又很小，核多的时候加速不明显是必然的。这种情况建议平行跑多个，能最充分利用计算资源。

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