高斯计算的太赫兹光谱真的只配四区吗？

yyllxx · 发表于 Post on 2021-12-2 10:35:56

今年前半年，使用高斯计算的太赫兹光谱（时域光谱仪测得实验光谱），结合静电势和范德华势分布分析的文章顺利发表在爱斯维尔的一个二区期刊上。第二篇文章分析的更详细，并且光谱吻合度还不错，如图所示（图一是从静电势分布不同去解释光谱差异性原因的摘要图；图二是其中一个物质的光谱图，使用B3LYP,B3LYP-D3,M06-2X三个不同的方法，是想通过他们对弱相互作用的不同侧重点来指认光谱），但是接二连三被拒，之前抱着试一试的心态投了JPCA，三个审稿人，一个小修一个大修一个拒，编辑给拒了，审稿人拒绝的理由是用量子化学原理计算的结果没有考虑边界条件，数据不可信；接着，爱斯维尔三区期刊其中一个编辑的原话是“The methodolgy of using clusters of molecules and performing the calculation using Gaussian is no longer acceptable.”，并且给出了一篇PCCP上最新的文章（https://doi.org/10.1039/D1CP02496E）文章毫不保留的抨击了不考虑边界条件这一行为。虽然使用团簇模型不考虑边界条件确实及其不严谨，但是几个月的工作量，并且很认真写的文章，现在投四区都悬，还是很难受啊！大家有什么期刊建议嘛~

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-12-2 10:45:24

本帖最后由 zjxitcc 于 2021-12-2 10:51 编辑

团簇模型模拟周期性体系，也分做得细不细，差的远不远。你考虑了不同的堆积模式（考虑了几种、全不全）、背景点电荷、计算结果随团簇增大而收敛等各个因素么？这些都要讲出来，大家才更好判断。

另外，B3LYP没加D3 算都不应该算，结果必然没啥价值（除非你想展示出来说明它真的挺差，这属于反面价值）。

yyllxx · 发表于 Post on 2021-12-2 10:54:15

zjxitcc 发表于 2021-12-2 10:45
团簇模型模拟周期性体系，也分做得细不细，差的远不远。你考虑了不同的堆积模式（考虑了几种、全不全）、背 ...

谢谢您认真详细的回帖，您说的这些我确实没在文章中考虑，使用七分子团簇模型的计算结果比我算过的其他（八分子，九分子）更接近实验光谱，所以选择了这个模型，这确实很不严谨，有一定的随机性。但是文章重点是后续的光谱分析过程，所以对于您提到的这几点因素考虑的比较少。

yyllxx · 发表于 Post on 2021-12-2 10:58:28

zjxitcc 发表于 2021-12-2 10:45
团簇模型模拟周期性体系，也分做得细不细，差的远不远。你考虑了不同的堆积模式（考虑了几种、全不全）、背 ...

使用B3LYP是因为他几乎不能描述色散作用，所以它的吸收峰更偏向于静电作用导致的，我是想通过这个点指认实验光谱中的某些吸收峰可能是有静电可能是范德华作用导致。

wangy0822 · 发表于 Post on 2021-12-2 15:19:30

你好啊，我也是太赫兹光谱方向的，也是实验结合理论，我之前也做了计算，如果你的这种物质是晶体的话可以用CP2K或者VASP算一下它的晶体结构的振动，我之前也用Gaussian算过团簇，现在用VASP了晶体结构，虽然结果也是一般吧。但是或许可以解决你的这种边界条件的问题。

有个问题向你请教一下，你说的图一是从静电势分布不同去解释光谱差异性原因，你的这个图是怎么做的，或者说是什么原理，我在文章里见过用IGM或者RDG来描述弱相互作用的方法。

yyllxx · 发表于 Post on 2021-12-2 19:58:22

wangy0822 发表于 2021-12-2 15:19
你好啊，我也是太赫兹光谱方向的，也是实验结合理论，我之前也做了计算，如果你的这种物质是晶体的话可以用 ...

卢天老师有博文介绍静电势的http://sobereva.com/196

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-12-3 00:50:54

yyllxx 发表于 2021-12-2 03:58
使用B3LYP是因为他几乎不能描述色散作用，所以它的吸收峰更偏向于静电作用导致的，我是想通过这个点指认 ...

这个不好这么讲，因为不加色散校正不一定是导致有的峰消失、有的峰不变，也可能是导致所有峰整体位移。所以B3LYP的某个峰和B3LYP-D3的某个峰对上了，不一定说明这个峰是静电作用产生的，搞不好这两个峰根本不是同一种振动，只是频率恰好一样。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-12-3 00:55:30

建议从你的计算里挑一个代表性体系，考虑边界条件做一个计算。如果和不考虑边界条件对上了，那就把这个结果加上再投，顺便可以额外说明一个结论，就是边界条件不是在所有情况下都很重要，然后讨论一下为什么在你的体系里不重要，这个还是一个不错的文章。
如果和不考虑边界条件对不上，那没办法，要么重算，要么别投，即便投四区能中也不要投，不然自己的简历里留下一篇有严重漏洞的文章，对将来你的发展很不利。

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-3 02:33:24

wangy0822 发表于 2021-12-2 15:19
你好啊，我也是太赫兹光谱方向的，也是实验结合理论，我之前也做了计算，如果你的这种物质是晶体的话可以用 ...

使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）
静电势与平均局部离子化能相关资料合集 http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html

yyllxx · 发表于 Post on 2021-12-3 09:40:58

wzkchem5 发表于 2021-12-3 00:55
建议从你的计算里挑一个代表性体系，考虑边界条件做一个计算。如果和不考虑边界条件对上了，那就把这个结果 ...

非常感谢您提供的思路，我按您的想法试着算一算。

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