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[GROMACS] 求助请问力场选择相关问题

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[求助]各位老师们,我主要想做卤素小分子和蛋白质的模拟,但是我发现很多力场根本不支持溴,用这样的力场模拟会不会出现问题呢,而且是不是卤素显示要加额外电荷或者虚拟位点,这是不是也需要找特殊的力场呢?而且我知道OPLS-AA/M力场是支持卤素的,但是好像这个力场对于蛋白质模拟不太好?然后我又看到了最新的OPLS3 力场,这个新加了很多原子类型,这个可以用吗,但是在哪里下载力场呢?求助各位老师们帮忙解答一下谢谢

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发表于 Post on 2021-12-2 11:48:30 | 只看该作者 Only view this author
OPLS-AA/M应该也可以用于蛋白质吧

http://zarbi.chem.yale.edu/oplsaam.html
CHARMM and Gromacs formatted parameter files for the OPLS-AA/M force field for proteins are provided below. These files have been prepared for all standard amino acids and patches. For non-standard systems, check that parameter choices are appropriate. To ensure proper implementation of the force field, geometric Lennard-Jones combining rules and 1,4 intra-nonbonded scaling should be used. A description of the parameterization procedure can be found in the following citation。

OPLS3似乎不免费公开






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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-2 13:55:16 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2021-12-2 11:48
OPLS-AA/M应该也可以用于蛋白质吧

http://zarbi.chem.yale.edu/oplsaam.html

非常感谢因为我之前看到似乎这个OPLS-AA/L力场对蛋白质模拟不是那么好,所以对OPLS-AA/M力场就有些担心

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发表于 Post on 2021-12-2 14:02:23 | 只看该作者 Only view this author
peng 发表于 2021-12-2 13:55
非常感谢因为我之前看到似乎这个OPLS-AA/L力场对蛋白质模拟不是那么好,所以对OPLS-AA/M力场就有些担 ...

http://zarbi.chem.yale.edu/publications.html

近年来,该组发了很多相关的OPLS-AA/M模拟相关的论文,应该是足够支撑了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-2 14:26:26 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2021-12-2 14:02
http://zarbi.chem.yale.edu/publications.html

近年来,该组发了很多相关的OPLS-AA/M模拟相关的论文 ...

太感谢您了,谢谢

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发表于 Post on 2021-12-3 02:04:29 | 只看该作者 Only view this author
必须用虚拟点考虑额外点电荷,否则卤键根本描述不好,肯定糟质疑




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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-14 09:55:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-3 02:04
必须用虚拟点考虑额外点电荷,否则卤键根本描述不好,肯定糟质疑

谢谢老师,我还想问一下卤离子和卤键模拟是否一样呢,是否可以都用OPLS3这个力场来模拟呢(蛋白质与配体的模拟)

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发表于 Post on 2022-9-14 16:13:39 | 只看该作者 Only view this author
peng 发表于 2022-9-14 09:55
谢谢老师,我还想问一下卤离子和卤键模拟是否一样呢,是否可以都用OPLS3这个力场来模拟呢(蛋白质与配体 ...

二者完全是两码事,一个是离子,一个是相互作用。
如果你已经买了相应程序,用OPLS3原理上可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-14 19:59:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 peng 于 2022-9-14 20:11 编辑
sobereva 发表于 2022-9-14 16:13
二者完全是两码事,一个是离子,一个是相互作用。
如果你已经买了相应程序,用OPLS3原理上可以

啊,老师,不好意思,原来OPLS3不公开,所以能用OPLS/AA-M模拟卤键小分子配体和蛋白质吗?如果不能的话还需要自己做哪些操作吗?仅仅模拟卤离子与蛋白质可以用OPLS/AA-M力场吗

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发表于 Post on 2022-9-15 02:51:07 | 只看该作者 Only view this author
peng 发表于 2022-9-14 19:59
啊,老师,不好意思,原来OPLS3不公开,所以能用OPLS/AA-M模拟卤键小分子配体和蛋白质吗?如果不能的话还 ...

原本的OPLS-AA/M没有描述卤键的能力。描述卤离子本身可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-15 08:56:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-15 02:51
原本的OPLS-AA/M没有描述卤键的能力。描述卤离子本身可以

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-27 14:14:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-15 02:51
原本的OPLS-AA/M没有描述卤键的能力。描述卤离子本身可以

老师,我使用OPLS-AA/M力场模拟蛋白质和溴离子相互作用,使用的是分子动力学讲座文件里的mdp模板,但是发现模拟效果不好,模拟报错1 particles communicated to PME rank o are more than 2/3 times the cut-off out
of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x.
This usually means that your system is not well equilibrated.我想换个力场但是其他力场不支持溴,有没有办法换个力场但是依旧研究溴离子呢?将溴离子作为配体可行吗

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发表于 Post on 2022-9-28 09:35:57 | 只看该作者 Only view this author
peng 发表于 2022-9-27 14:14
老师,我使用OPLS-AA/M力场模拟蛋白质和溴离子相互作用,使用的是分子动力学讲座文件里的mdp模板,但是发 ...

模拟效果好不好和有没有程序上的报错完全是两码事,把问题交代清楚
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-28 10:14:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-28 09:35
模拟效果好不好和有没有程序上的报错完全是两码事,把问题交代清楚

老师我用的是OPLS-AA/M力场想要模拟蛋白质和溴离子相互作用,使用的mdp文件都是您讲座里的模板mdp文件,但是跑正式md总是报错lincs warning 或者1 particles communicated to PME rank o are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x.
This usually means that your system is not well equilibrated总是模拟出错

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发表于 Post on 2022-9-28 10:44:45 | 只看该作者 Only view this author
peng 发表于 2022-9-28 10:14
老师我用的是OPLS-AA/M力场想要模拟蛋白质和溴离子相互作用,使用的mdp文件都是您讲座里的模板mdp文件, ...

按课上“GROMACS的使用基础”部分我讲的排查原因
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