计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1552|回复 Reply: 4

[分子对接] 求助autodock和autodock vina处理受体和小分子的加氢问题

[复制链接 Copy URL]

23

帖子

0

威望

215

eV
积分
238

Level 3 能力者

发表于 Post on 2021-12-2 22:08:28 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
请问,autodock和vina在处理受体和小分子时什么时候加全氢、什么时候加极性氢呢

52

帖子

7

威望

534

eV
积分
726

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2022-1-9 18:34:28 | 显示全部楼层 Show all
vina全加极化氢。

建议可以试试MolAICal做对接,简单方便 https://molaical.gitee.io/MolDocking.html

23

帖子

0

威望

215

eV
积分
238

Level 3 能力者

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-10 19:12:06 | 显示全部楼层 Show all
MolAICal 发表于 2022-1-9 18:34
vina全加极化氢。

建议可以试试MolAICal做对接,简单方便 https://molaical.gitee.io/MolDocking.html

可是我在官方的手册里看到蛋白和小分子在选为受体之前必须加全氢,包括极性氢和非极性氢。但是在文献里看到有人用Vina时加的是极性氢。所以就很疑惑

52

帖子

7

威望

534

eV
积分
726

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2022-1-10 23:49:34 | 显示全部楼层 Show all
crush 发表于 2022-1-10 19:12
可是我在官方的手册里看到蛋白和小分子在选为受体之前必须加全氢,包括极性氢和非极性氢。但是在文献里看 ...

vina是先加氢,最后处理的时候,自动算成极化氢。


MolAICal的精度目前测试显示比vina稍高一点。


23

帖子

0

威望

215

eV
积分
238

Level 3 能力者

 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-12 20:12:29 | 显示全部楼层 Show all
MolAICal 发表于 2022-1-10 23:49
vina是先加氢,最后处理的时候,自动算成极化氢。

好的,非常感谢您的解答

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )

GMT+8, 2022-5-22 18:33 , Processed in 0.442824 second(s), 23 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list