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[GROMACS] 相互作用能中范德华作用能的本质是什么

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Sob老师在分子动力学讲义中提到相互作用能的计算,其中包括LJ-SR项,即范德华作用能。同时,老师在博文http://sobereva.com/413中也提到过:“范德华作用”的本质包含了交换互斥和色散吸引作用两个部分,而一般说的范德华相互作用,以及pi-pi堆积作用的本质都是色散作用。请问老师:范德华作用能中所计算的能量大小是否包括pi-pi堆积作用(如果存在的话)?谢谢!

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发表于 Post on 2021-12-8 08:39:48 | 只看该作者 Only view this author
如果你算pi-pi堆积体系间的范德华作用能,就可以解释为是pi-pi堆积作用能。

如果两个大体系只有一部分是pi-pi堆积的,比如http://bbs.keinsci.com/thread-26613-1-1.html里提到的文章里给出的下面的这种体系,由图橙红色区域是两个分子间pi-pi堆积部分,那么你用GROMACS或者Multiwfn的基于力场的能量分解(http://sobereva.com/442)计算红色片段间的范德华作用能,得到的就是这两个分子间pi-pi堆积部分对结合能产生的贡献。


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-8 11:29:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-8 08:39
如果你算pi-pi堆积体系间的范德华作用能,就可以解释为是pi-pi堆积作用能。

如果两个大体系只有一部分是 ...

谢谢老师!

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