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[GROMACS] 求助:为什么用gromacs做高分子体系的能量最小化之后高分子全都散了?

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求助:为什么我用gromacs做高分子体系的能量最小化之后高分子全都散了?输入输出文件在附件里,麻烦各位老师帮我看看,谢谢!

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初始结构.png

能量最小化后.png (73.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

能量最小化后.png

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2#
发表于 Post on 2021-12-9 06:50:20 | 只看该作者 Only view this author
我没时间细看,着重检查:
[molecules]里的分子顺序、[moleculetype]里的原子顺序是否和结构文件相符
[moleculetype]里有是否有缺参数的情况,是否该有的项都有
检查bond项的参数是否都在合理范围
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