CP2K-8.2 的全intel编译器编译

丁越

sophie0720 发表于 2021-12-13 19:42
好的好的，安排上了

我又来了老师
1. 编译gsl库的时候应该是执行 make && make install , 在我的机子上直接执行make install -j 的时候会报错。
2. 另外我怎么加载CP2K运行所需要的所有库呢？toolchain 编译的时侯直接source tools/toolchain/install/setup就可以加载所有的依赖库了，还得麻烦老师贴一下你的CP2K任务提交脚本呀

sophie0720

丁越 发表于 2021-12-13 23:01
我又来了老师
1. 编译gsl库的时候应该是执行 make && make install , 在我的机子上直接执行make in ...

我是用 module-environment 管理软件的，module文件里设置如下：

#%Module1.0####

module load gcc/9.3.1 intel/2020u2 cmake/3.20.2 zlib/1.2.11 hdf5/1.12.0

prepend-path PATH /opt/cp2k-8.2/exe/local
prepend-path LD_LIBRARY_PATH "/opt/package_cp2k/libint-v2.6.0-cp2k-lmax-5/lib"
prepend-path LD_RUN_PATH "/opt/package_cp2k/libint-v2.6.0-cp2k-lmax-5/lib"
prepend-path LIBRARY_PATH "/opt/package_cp2k/libint-v2.6.0-cp2k-lmax-5/lib"
prepend-path CPATH "/opt/package_cp2k/libint-v2.6.0-cp2k-lmax-5/include"
prepend-path LD_LIBRARY_PATH "/opt/libxc-5.1.7/lib"
prepend-path LD_RUN_PATH "/opt/libxc-5.1.7/lib"
prepend-path LIBRARY_PATH "/opt/libxc-5.1.7/lib"
prepend-path CPATH "/opt/libxc-5.1.7/include"
prepend-path PATH "/opt/package_cp2k/libxsmm-1.16.1/bin"
prepend-path LD_LIBRARY_PATH "/opt/package_cp2k/libxsmm-1.16.1/lib"
prepend-path LD_RUN_PATH "/opt/package_cp2k/libxsmm-1.16.1/lib"
prepend-path LIBRARY_PATH "/opt/package_cp2k/libxsmm-1.16.1/lib"
prepend-path PATH "/opt/package_cp2k/elpa-2020.11.001/bin"
prepend-path LD_LIBRARY_PATH "/opt/package_cp2k/elpa-2020.11.001/lib"
prepend-path LD_RUN_PATH "/opt/package_cp2k/elpa-2020.11.001/lib"
prepend-path LIBRARY_PATH "/opt/package_cp2k/elpa-2020.11.001/lib"
prepend-path LD_LIBRARY_PATH "/opt/gsl-2.6/lib"
prepend-path LD_RUN_PATH "/opt/gsl-2.6/lib"
prepend-path LIBRARY_PATH "/opt/gsl-2.6/lib"
prepend-path CPATH "/opt/gsl-2.6/include"
prepend-path LD_LIBRARY_PATH "/opt/package_cp2k/plumed-2.6.2/lib"
prepend-path LD_RUN_PATH "/opt/package_cp2k/plumed-2.6.2/lib"
prepend-path LIBRARY_PATH "/opt/package_cp2k/plumed-2.6.2/lib"
prepend-path LD_LIBRARY_PATH "/opt/package_cp2k/spglib-1.16.0/lib64"
prepend-path LD_RUN_PATH "/opt/package_cp2k/spglib-1.16.0/lib64"
prepend-path LIBRARY_PATH "/opt/package_cp2k/spglib-1.16.0/lib64"
prepend-path CPATH "/opt/package_cp2k/spglib-1.16.0/include"
prepend-path LD_LIBRARY_PATH "/opt/package_cp2k/libvori-210412/lib"
prepend-path LD_RUN_PATH "/opt/package_cp2k/libvori-210412/lib"
prepend-path LIBRARY_PATH "/opt/package_cp2k/libvori-210412/lib"
prepend-path LD_LIBRARY_PATH "/opt/package_cp2k/SpFFT-1.0.5/lib64"
prepend-path LD_RUN_PATH "/opt/package_cp2k/SpFFT-1.0.5/lib64"
prepend-path LIBRARY_PATH "/opt/package_cp2k/SpFFT-1.0.5/lib64"
prepend-path CPATH "/opt/package_cp2k/SpFFT-1.0.5/include"


我这里加载的库可能偏多了，求稳懒得折腾

丁越

sophie0720 发表于 2021-12-14 09:40
我是用 module-environment 管理软件的，module文件里设置如下：

#%Module1.0####

非常感谢 等下我测试对比一下和基于openmpi的CP2K的速度差异

啦啦黑还黑

intel编译器和mpi编译出来的cp2k比 openmpi + gnu要快30%左右。用mpich也比openmpi快不少。

喵星大佬

啦啦黑还黑 发表于 2021-12-14 11:28
intel编译器和mpi编译出来的cp2k比 openmpi + gnu要快30%左右。用mpich也比openmpi快不少。

这样吗？在别的程序里面(cfour和dalton)我感觉mpich比openmpi慢了不是一星半点

DoorBell

对比了一下严格按照主楼老师的方法编译的“Intel版”CP2K 8.2并不比用toolchain编译的“gcc+OpenMPI+Intel MKL版”CP2K 7.1快，同样是http://sobereva.com/587中提到的“做COF（共价有机框架）化合物的单点任务”直接生成的输入文件，一个SCF每圈迭代时间1.6s另一个是2.0秒，不知道这个情况是否正常？

丁越

DoorBell 发表于 2021-12-15 05:18
对比了一下严格按照主楼老师的方法编译的“Intel版”CP2K 8.2并不比用toolchain编译的“gcc+OpenMPI+Intel  ...

我测试了一下 gcc+OpenMPI-4.1.1+Intel MKL版的CP2K-8.2与这种intel编译器编译的CP2K-8.2在Co-MOF-74单胞上SCF的速度，发现还是gcc+OpenMPI-4.1.1+Intel MKL版的CP2K-8.2的快不少，这也许与楼主老师用的机子上之前默认装了某些库，而我的恰好没装有关。另外，在测试CP2K自带的测试文件中，错误2个，失败50个，可能是还有些库没装上导致的。
要不楼主老师也试试gcc+OpenMPI-4.1.1+Intel MKL版的CP2K-8.2对比看看速度咋样？
其次，问下Linux-x86-64-intel-minimal.psmp、Linux-x86-64-intel-regtest.psmp这两个的差别在哪些地方？

sophie0720

DoorBell 发表于 2021-12-15 05:18
对比了一下严格按照主楼老师的方法编译的“Intel版”CP2K 8.2并不比用toolchain编译的“gcc+OpenMPI+Intel  ...

我的测试也是，intel版反而慢20%~30%左右，无语了。。

sophie0720

丁越 发表于 2021-12-15 08:54
我测试了一下 gcc+OpenMPI-4.1.1+Intel MKL版的CP2K-8.2与这种intel编译器编译的CP2K-8.2在Co-MOF-74单胞 ...

我的测试也是gcc-openmpi-intelmkl版本更快。。

minimal与regtest区别在于外接库，minimal里仅连接了intelmkl的数学库

DoorBell

sophie0720 发表于 2021-12-15 20:01
我的测试也是，intel版反而慢20%~30%左右，无语了。。

对比了一下，可能是COSMA这个库的原因？老师能不能考虑下吧COSMA编译进去？感谢~

sophie0720

DoorBell 发表于 2021-12-16 23:18
对比了一下，可能是COSMA这个库的原因？老师能不能考虑下吧COSMA编译进去？感谢~

在我的测试里，两种编译都没有用COSMA

gog

amd的机器上，用gcc、mpich和acml，所有外部连接库，该是能全部安装上。

DoorBell

啦啦黑还黑 发表于 2021-12-14 11:28
intel编译器和mpi编译出来的cp2k比 openmpi + gnu要快30%左右。用mpich也比openmpi快不少。

自己测试似乎发现Intel编译器+Intel MPI/GNU编译器+OpenMPI(toolchain)/GNU编译器+Intel MPI(toolchain)三个版本的CP2K 8.2和GNU编译器+OpenMPI(toolchain)的CP2K 7.1的相对快慢，受到具体的任务类型、任务所使用算法甚至是核数的影响...

非常诡异的情况QAQ

PoorChaos

厉害

乐平

请问您用的是哪个版本的 Intel compiler 呢？Intel OneAPI?