【BAGEL使用心得】量子化学软件BAGEL的安装

喵星大佬

gcc11似乎编译不过去了

Freeman

喵星大佬 发表于 2022-10-11 16:48
gcc11似乎编译不过去了

我当时用的是intel编译器。

喵星大佬

Freeman 发表于 2022-10-13 11:29
我当时用的是intel编译器。

并不，你看看写的是mpicxx和mpicc，即使是intelmpi也是对应gcc的，如果是intel编译器应该是mpiicc和mpiicpc

Freeman

喵星大佬 发表于 2022-10-14 02:55
并不，你看看写的是mpicxx和mpicc，即使是intelmpi也是对应gcc的，如果是intel编译器应该是mpiicc和mpiic ...

抱歉，年代太久远，我已经记不清细节了

Kalinite

请问大家make -j时有遇到这样的问题吗：

./.libs/libbagel.so: undefined reference to `bagel::Matrix1e_<bagel::Matrix, void>::operator=(bagel::Matrix1e_<bagel::Matrix, void> const&)'
./.libs/libbagel.so: undefined reference to `bagel::Matrix1e_<bagel::Matrix, void>::operator=(bagel::Matrix1e_<bagel::Matrix, void>&&)'

加了--disable-shared --enable-static没用。

banxia

1.71的boost也找不到Regex，和老师说的有出入，

ABQTrap

您好！请问您的configure里面”CXXFLAGS="-DNDEBUG -std=c++11 -lstdc++“  -std=c++11 -lstdc++是什么意思呢？看不懂，谢谢！

Freeman

ABQTrap 发表于 2023-3-3 14:41
您好！请问您的configure里面”CXXFLAGS="-DNDEBUG -std=c++11 -lstdc++“  -std=c++11 -lstdc++是什么意思 ...

用C++11标准，链接C++标准库

ABQTrap

Freeman 发表于 2023-3-3 15:28
用C++11标准，链接C++标准库

老师再请教一下：如果Linux安装的是c++8.5.0，关键词需要写成-std=c++8吗？
目前bagel安装完成了，安装中没有error，但是运行BAGEL里面的test，总是报错，不知道问题在哪，见图片。linux小白，只装过orca，这个安装太难了。boost版本的确有影响，1.71安装没有报错，更高版本反而报错。
请问：
（1）boost安装时需要加use mpi关键词吗？不加会不会对并行计算有影响？
（2）安装了intel oneAPI 2021版，包括了编译器 mkl mpi部分，是不是相当于安装了intel mpi？
（3）运行bagel：BAGEL /path/to/test/benzene_svp_mp2.json > output &  这样运行方式是否正确？
bagel安装时的configure：./configure --with-mpi=intel --enable-mkl --with-boost=$BOOST_ROOT --prefix=/home/***/bagel-1.2.2 CXXFLAGS="-DNDEBUG -std=c++11 -lstdc++"
万分感谢！感激不尽！

Freeman

ABQTrap 发表于 2023-3-4 18:27
老师再请教一下：如果Linux安装的是c++8.5.0，关键词需要写成-std=c++8吗？
目前bagel安装完成了，安装 ...

8.5.0是编译器的版本，不是c++的标准，所以不用写成-std=c++8。
我没有亲自装过boost，不太了解。安装并行版的molcas必须要装boost，而串行版的molcas不需要，我猜就是因为boost对并行特别重要。所以如果安装boost时有类似use-mpi的选项，应该要勾选，并且编译器最好和编译bagel的一样。
是的。
是的。要并行的话前面加上mpirun -n [并行核数]。
这个报错我也看不懂。你可以自己写几个小分子的输入文件，测试一下。说不定是内存问题呢。

ABQTrap

Freeman 发表于 2023-3-5 00:32
8.5.0是编译器的版本，不是c++的标准，所以不用写成-std=c++8。
我没有亲自装过boost，不太了解。安装并 ...

老师好，bagel安装成功了，test通过，之前是mpi没设置好。现在想再连接libxc进行dft计算，configure时加--with-libxc，但总是报错找不到libxc的xc.h，明明已经安装并设置环境变量了，请问是什么原因？谢谢！

Freeman

ABQTrap 发表于 2023-3-6 17:23
老师好，bagel安装成功了，test通过，之前是mpi没设置好。现在想再连接libxc进行dft计算，configure时加- ...

The pilot KS-DFT code is also implemented using Libxc,5but it is neither efficient nor of production quality; we are hereby soliciting future collaboration for improving the DFT code.

原文说dft部分还不完善。