namd怎么设置非周期性边界条件呢？

wanghao12000 · 发表于 Post on 2021-12-20 22:51:35

请问各位老师，namd能不能设置非周期性边界条件呢？怎样设置呢？

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-12-21 09:52:26

你不设周期性边界条件就是非周期性边界了

wanghao12000 · 发表于 Post on 2021-12-21 11:22:28

fhh2626 发表于 2021-12-21 09:52
你不设周期性边界条件就是非周期性边界了

哦哦，这样啊，谢谢老师

wanghao12000 · 发表于 Post on 2021-12-21 20:32:16

fhh2626 发表于 2021-12-21 09:52
你不设周期性边界条件就是非周期性边界了

老师请问一下您，这个我先系统能量最小化，然后再跑npt，为什么会出现这个
FATAL ERROR: Exiting prematurely ; see error messages above

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-12-22 10:20:59

wanghao12000 发表于 2021-12-21 20:32
老师请问一下您，这个我先系统能量最小化，然后再跑npt，为什么会出现这个
FATAL ERROR: Exiting premat ...

这个不是错误信息，log文件里面这个的上面几行才是

wanghao12000 · 发表于 Post on 2021-12-22 12:12:09

fhh2626 发表于 2021-12-22 10:20
这个不是错误信息，log文件里面这个的上面几行才是

老师能不能给个conf，或者我把我的发出来您看一下哪些需要删

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[NAMD] namd怎么设置非周期性边界条件呢？