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[新手求助] SO32- + CH3+ = HSO2- + CH2O 反应的过渡态寻找求助

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各位老师,我想计算的是:SO32- + CH3+ = HSO2- + CH2O 这个化学反应的过渡态,基组是B3LYP 6-311g(d,p) , em=gd3bj,选用SMD溶剂模型,水作为溶剂,分别用了TS和QST2计算了过渡态,两个方法找到的过渡态是一样的,但找到的这个过渡态不是我想要的。请问各位老师有什么解决办法么。

202112212134499300..png (15.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

寻找到的过渡态

寻找到的过渡态

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假定的过渡态

假定的过渡态

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发表于 Post on 2021-12-21 23:12:02 | 只看该作者 Only view this author
可能初始结构没有摆好,可以试试先用低级别做柔性扫描,再根据柔性扫描的结果做过渡态。PS:不建议用QST2或者QST3,相较于TS没有任何优势。

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发表于 Post on 2021-12-21 23:22:48 | 只看该作者 Only view this author
建议先确认一下[SO3]2-和CH3+到底是不是直接反应的。[SO3]2-只能在碱性溶液里存在,CH3+只能在超酸(类似HSbF6那种)里存在,这两者根本不可能在同一种溶剂里稳定存在
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2021-12-22 01:00:49 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“过渡态寻找”改了,以后务必注意,下次将删帖+扣分处理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-22 09:47:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-22 01:00
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的下次注意社长

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-22 09:48:44 | 只看该作者 Only view this author
joeson 发表于 2021-12-21 23:12
可能初始结构没有摆好,可以试试先用低级别做柔性扫描,再根据柔性扫描的结果做过渡态。PS:不建议用QST2或 ...

好的,谢谢您,我先去试试

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-22 09:54:36 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-12-21 23:22
建议先确认一下[SO3]2-和CH3+到底是不是直接反应的。[SO3]2-只能在碱性溶液里存在,CH3+只能在超酸(类似HS ...

好的,谢谢您,我去确认下。这个问题之前确实没有考虑到

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发表于 Post on 2021-12-22 14:33:49 | 只看该作者 Only view this author
这个反应完全违背了最基本的化学直觉
首先是酸碱性的问题,上面已经提到了
另外,亚硫酸根基本没有什么氧化性,即使四价硫体现氧化性也一般需要亚硫酸或者二氧化硫的形式体现氧化性,这一点只要看看硫的Latimer图就知道
而甲基正离子也没什么还原性,都正离子了还想把它电子夺走,能容易吗
这两个东西反应,正常人的感觉都会是亚硫酸根体现出亲核性,硫或者氧去进攻甲基碳
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-22 15:27:42 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-12-22 14:33
这个反应完全违背了最基本的化学直觉
首先是酸碱性的问题,上面已经提到了
另外,亚硫酸根基本没有什么氧 ...

好的,谢谢您。我再去查一下相关资料。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-22 15:45:13 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-12-22 14:33
这个反应完全违背了最基本的化学直觉
首先是酸碱性的问题,上面已经提到了
另外,亚硫酸根基本没有什么氧 ...

这个反应是一个整体反应中的一个基元反应,这样的话甲基有可能短暂存在么

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发表于 Post on 2021-12-22 16:56:48 | 只看该作者 Only view this author
zhuct 发表于 2021-12-22 15:45
这个反应是一个整体反应中的一个基元反应,这样的话甲基有可能短暂存在么

什么整体反应
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-22 17:02:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zhuct 于 2021-12-22 18:49 编辑

SO42- + CH4 + H+ = H2S + CO2 + 2H2O, 硫酸盐热化学还原反应,其中硫酸根被还原为硫化氢。看到一篇文献中有用过 氢气还原亚硫酸根的,SO32- + H2 = HSO2- + OH-

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