CGENFF经常维护，有替代网站吗？

vandenberg · 发表于 Post on 2021-12-22 10:13:08

CGENFF网站经常维护，有charm替代网站可以建小分子的top吗？

panernie · 发表于 Post on 2021-12-22 15:22:16

Chramm-Gui

vandenberg · 发表于 Post on 2021-12-22 15:56:35

thanks

valiente1 · 发表于 Post on 2023-5-17 16:55:39

维护多久才会开放啊

superrice · 发表于 Post on 2023-5-17 17:14:13

AuToFF工具可以帮助用户生成top文件，目前可以轻松实现分子建模和力场拓扑文件生成，此外已经支持现有的主流力场（GAFF、CVFF、OPLS、CGenFF）、二代力场(CFF、COMPASS)、通用力场形式(UFF、Dreiding)、联合原子力场（TraPPE-UA、OPLS-UA、GROMOS）、13种水模型力场等，详情请见http://bbs.keinsci.com/thread-37281-1-1.html

hugromacs · 发表于 Post on 2025-5-31 03:04:24

superrice 发表于 2023-5-17 17:14
AuToFF工具可以帮助用户生成top文件，目前可以轻松实现分子建模和力场拓扑文件生成，此外已经支持现有的主 ...

确实挺好，但是无法生成CGenFF的电荷，有没有推荐电荷的计算，不知道用什么准确一些呢

sobereva · 发表于 Post on 2025-5-31 07:58:27

hugromacs 发表于 2025-5-31 03:04
确实挺好，但是无法生成CGenFF的电荷，有没有推荐电荷的计算，不知道用什么准确一些呢

用RESP或RESP2(0.5)电荷
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/637（http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html）

虽然RESP电荷不是CGenFF标配的，但在基本原理层面上能兼容

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