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[综合交流] 请问怎么使用ACD/ChemSketch计算logP

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大家好!目前正在学习用ACD/ChemSketch计算logP,请问应该怎么计算,就是我理论上有一个分子,想通过理论手段计算一下这个分子的亲脂性,还有一个问题是,亲脂性和分子的偶极矩有关系吗?

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发表于 Post on 2022-1-7 10:46:22 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“使用ACD/ChemSketch计算logP ”改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-1-7 10:50:04 | 只看该作者 Only view this author
我不用这东西,免费、好用的能计算LogP的程序有的是,例如http://www.sioc-ccbg.ac.cn/?p=42&software=xlogp3

没直接联系
可以说体系极性越大亲脂性越弱,但极性没有唯一衡量方式,偶极矩很多情况也不适合用于衡量,而MPI指数倒是相对比较普适的指标,仔细看此文
谈谈如何衡量分子的极性
http://sobereva.com/518http://bbs.keinsci.com/thread-14971-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-7 10:57:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-7 10:50
我不用这东西,免费、好用的能计算LogP的程序有的是,例如http://www.sioc-ccbg.ac.cn/?p=42&software=xlog ...

谢谢您的回复,您提供的这个软件的说明书有吗? 应该怎么计算亲脂性

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发表于 Post on 2022-1-7 11:59:28 | 只看该作者 Only view this author
weixue 发表于 2022-1-7 10:57
谢谢您的回复,您提供的这个软件的说明书有吗? 应该怎么计算亲脂性

使用那么简单,进去自己一看便知

亲脂性是个概念,没有唯一衡量方式,LogP是一种常用的对它的体现
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-7 13:54:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-7 11:59
使用那么简单,进去自己一看便知

亲脂性是个概念,没有唯一衡量方式,LogP是一种常用的对它的体现

您好 这个是用高斯优化好的转成mol文件 之后进行计算吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-7 15:16:41 | 只看该作者 Only view this author

chemdraw中计算的clogP是代表亲脂性吗

最近在学习理论计算小分子的亲脂性,我的分子是带2个正电荷的,请问用chemdraw中的选项view中的show chemical properties window中计算出来的cloP是代表分子的亲脂性吗?另外,是否还有其他的计算方法

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发表于 Post on 2022-1-7 22:14:19 | 只看该作者 Only view this author
weixue 发表于 2022-1-7 13:54
您好 这个是用高斯优化好的转成mol文件 之后进行计算吗

不用优化
直接建模,初始结构不离谱就行
本身这个预测LogP的算法也不看你三维坐标
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weixue 发表于 2022-1-7 15:16
最近在学习理论计算小分子的亲脂性,我的分子是带2个正电荷的,请问用chemdraw中的选项view中的show chemic ...

把名字拼对
cLogP只不过是LogP的计算方法的一种
用我前面说的XlogP3预测LogP就完了,又快又免费又精准(相对于目前已有的方法和程序来说)。用ChemDraw你还得花好多钱买程序,结果还没XlogP3好。

还有其它大把的工具能预测LogP,下文里搜LogP
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