求助：如何使用RDG分析分子内的弱相互作用

oooooooooooooo · 发表于 Post on 2022-1-11 11:42:59

本帖最后由 oooooooooooooo 于 2022-1-11 11:47 编辑

本人对图1的非平面卟啉类似物分子进行RDG分析,分析方法参考的是sobereva老师的帖子《使用Multiwfn图形化研究弱相互作用》（http://sobereva.com/68），得到如图2所示的图形分布（噻吩内部的斥力不做研究），我把分子内部的相互作用力分成三部分，第一部分我认为是其周围C与S组成的环类似物的内部的斥力，不知是否合理，但2与3部分本人不知如何解释，想请教老师和各位大神根据图像所示分子内部的引力和斥力是从何而来呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-11 11:56:10

2体现挨着的S...S之间的范德华作用
3体现彼此相对的S之间的相互作用

oooooooooooooo · 发表于 Post on 2022-1-11 13:01:17

明白了，谢谢老师

yjcmwgk · 发表于 Post on 2022-1-12 10:29:48

sobereva 发表于 2022-1-11 11:56
2体现挨着的S...S之间的范德华作用
3体现彼此相对的S之间的相互作用

我有点不同的感觉。
区域3，体现了四个硫原子之间的“孤单电子对儿”之间的斥力，但这个斥力并不严重，其实很轻微。
区域1，体现了S-C-C-C-S这个“非封闭环”内的张力。
区域2，怎么会成为一个引力呢？难道S....S之间还能有弱的成键趋势不成？或者干脆就是范德华力（瞬时偶极色散力？永久偶级色散力？）
说实话我对区域2不理解……
敬请批评指正

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-12 11:22:05

yjcmwgk 发表于 2022-1-12 10:29
我有点不同的感觉。
区域3，体现了四个硫原子之间的“孤单电子对儿”之间的斥力，但这个斥力并不严重， ...

区域3，S和S距离已经很远了，而且颜色也没有橘黄，所以互斥作用我认为不怎么明显，相对来说色散吸引作用更突出一些。可以用Multiwfn做个基于力场的能量分解（http://sobereva.com/442），看看对面两个S之间互斥和色散部分相对大小如何

区域2，S-S之间肯定不会有什么共价作用，算出来Mayer键级肯定也非常小，这部分也就只能说是色散作用为主

这个体系可以再作个变形密度图，对交换互斥作用可以有更进一步的展现。

yjcmwgk · 发表于 Post on 2022-1-12 12:51:33

sobereva 发表于 2022-1-12 11:22
区域3，S和S距离已经很远了，而且颜色也没有橘黄，所以互斥作用我认为不怎么明显，相对来说色散吸引作用 ...

感谢

牧生 · 发表于 Post on 2022-1-12 14:03:01

本帖最后由牧生于 2022-1-12 14:59 编辑

到底是C-S还是C-O啊？我使用C-S的结构，使用orca优化了分子结构，再试了下IGMH分析，图像如下，我觉得只有两种相互作用。中间的几个硫原子是交错的，而且邻近硫原子之间是有一点点吸引力的，但是很弱；间隔的硫原子之间只有范德华作用，四个硫原子之间没有明显斥力作用（班门弄斧了）

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-13 08:13:08

牧生发表于 2022-1-12 14:03
到底是C-S还是C-O啊？我使用C-S的结构，使用orca优化了分子结构，再试了下IGMH分析，图像如下，我觉得只有 ...

1L应该画的是硫的情况
IGMH绘制脚本的色彩刻度默认是-0.05~0.05，上限比RDG的更大，所以看起来相邻S-S内侧区域的红色没那么明显，亦有可能用的构型和1L的有差异所致。

Yun1 · 发表于 Post on 2024-1-25 17:00:29

想问一下大家，怎么具体量化这个作用力的大小呀？

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