聚合物能量最小化崩溃求助

刘铮12

老师，我最近在用gromacs做含有20个PLGA单体的聚合物。查阅相关资料，我先做用gaussview画了一个含有三个单体的PLGA，优化完结构提交到ATB网站获取含有三个单体的力场文件。基于这三个单体获得含有20个单体的力场文件和结构文件，对它进行能量优化，发现potential energy为7.5080889e+03(这里不应该为负嘛)。因为没有报错，又进行了NPT。获得结构也较合理。下一步用它载药，将小分子药物，PLGA，水分子一起进行能量最小化就中止，或者这一步能跑完下一步NPT也会模拟崩溃。所以我怀疑这20个单体的PLGA能量优化有问题。就把原始含有三个单体的PLGA在gromacs能量最小化，发现potential energy为6.0706665e+02。也为正值。我想请教一下老师，我哪里出了问题。相应的文件在附件中。