用raspa计算蒙特卡洛，吸附剂为分子晶体，吸附质为金属，能否确定金属原子的坐标？

liuzl

1、用raspa计算蒙特卡洛，吸附剂为分子晶体，吸附质为金属，从哪里找金属原子的确切坐标？我看了movies输出文件里初始结构信息和终止结构信息都没有吸附的金属原子，说明书里写输出的VTK文件可以看吸附质的密度分布图，可是我想看的是金属原子确切的坐标信息。2、以下附上了我的输入信息，请各位老师帮忙看一下是否输入文件有问题。3、我这个体系适不适合用raspa计算蒙特卡洛，新手请求各位老师指教。

CJW

蒙特卡洛从原理上来讲得到一个绝对的坐标没有多大意义，因为插入一个原子就算会使能量上升也有可能接受，某个坐标不一定代表了真实的情况。具有意义的是在经过成千上万步之后得到的统计结果，所以你还是应该关心密度分布图。如果实在需要坐标的话就把等值面调到比较高的程度，可以给出吸附位点，当然还要考虑等值面数值的实际意义。

yuzc

密度分布。MC的带吸附质的构型文件没有动力学意义。
想知道坐标，用final structure做初始构型，用最后的吸附量当初始投料量，做一个NPT的MD。

liuzl

yuzc 发表于 2023-6-8 09:59
密度分布。MC的带吸附质的构型文件没有动力学意义。
想知道坐标，用final structure做初始构型，用最后的 ...

好的，谢谢您

JianLi_2023

MC截图或者snapshot还是很有用的，方便使用者理解。
可以通过pdb文件结合iRASPA或者VMD来可视化。
吸附金属的话，你现在在做的，是Li的气体（而且是单质气体）在室温一个标准大气压下的模拟。
Peng-Robinson equation of state不一定适用。

你可以先试试做minimization，算出在结构里，Li的binding sites都是哪里。然后试试DFT。