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[VASP] 请教大佬 跑一个水解的化学式,为什么水分子没有跑散? 谢谢

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本帖最后由 xfly 于 2022-1-13 14:13 编辑

想跑一个在850k的条件下,2CuCl2+H2O (g)→2CuCl+0.5O2(g)+2HCl(g)的反应式,截断能设置为400,k点为2*2*1,做完优化后,跑动力学 水分子并没有跑散,没有变化,请教各位大佬接下来应该怎么做?

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发表于 Post on 2022-1-12 16:31:44 | 只看该作者 Only view this author
可能说明这个反应不是很快,因为你跑动力学一般只能跑ps级的时间,而只要在秒级的时间能反应,实验上就能观测到反应。所以有可能这个温度下这个反应需要秒级的时间才能进行,导致实验上能看到反应但计算的分子动力学看不到反应。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-13 13:37:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-1-12 16:31
可能说明这个反应不是很快,因为你跑动力学一般只能跑ps级的时间,而只要在秒级的时间能反应,实验上就能观 ...

明白您的意思了 非常感谢,那请问应该怎么设置才能在动力学上看到反应呢?

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发表于 Post on 2022-1-13 14:03:49 | 只看该作者 Only view this author
CucC2+H2O →CuCl+O2+HCl式子明显是错的
想通过AIMD在较短时间跑出来现实中时间尺度明显更长才会出现的现象,可尝试提高温度
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-13 14:15:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-13 14:03
CucC2+H2O →CuCl+O2+HCl式子明显是错的
想通过AIMD在较短时间跑出来现实中时间尺度明显更长才会出现的现 ...

不好意思,我之前打错了,现在重新编辑了:2CuCl2+H2O (g)→2CuCl+0.5O2(g)+2HCl(g),是这个式子,那我现在就是把温度再提升到800度试一下可以吗

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发表于 Post on 2022-1-13 14:32:51 | 只看该作者 Only view this author
xfly 发表于 2022-1-13 14:15
不好意思,我之前打错了,现在重新编辑了:2CuCl2+H2O (g)→2CuCl+0.5O2(g)+2HCl(g),是这个式子,那我 ...

反正得比原先的更高。而且就某个温度下容易进行,除非初始位置、初速度恰好很精妙,否则也得跑一阵子才可能发生。不要太着急
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-13 14:44:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-13 14:32
反正得比原先的更高。而且就某个温度下容易进行,除非初始位置、初速度恰好很精妙,否则也得跑一阵子才可 ...

好的谢谢,我把温度提高了200度,重新跑了一下,我之前做过实验在550度条件下可以反应,但是vasp跑了两次了都是没有把水分子跑散,现在重新提交作业再跑一下

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发表于 Post on 2022-1-13 16:13:41 | 只看该作者 Only view this author
xfly 发表于 2022-1-13 07:44
好的谢谢,我把温度提高了200度,重新跑了一下,我之前做过实验在550度条件下可以反应,但是vasp跑了两次 ...

建议留意一下实验是用了多长时间观测到反应的,而计算是模拟了多长时间的动力学。只有这两者相符,计算结果才可能和实验相符。光温度相符是不够的。
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-13 16:59:42 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-1-13 16:13
建议留意一下实验是用了多长时间观测到反应的,而计算是模拟了多长时间的动力学。只有这两者相符,计算结 ...

我实验差不多三四十分钟就有反应了,模拟当时设置了2ps,现在不知道怎么解决了··

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发表于 Post on 2022-1-13 18:10:12 | 只看该作者 Only view this author
xfly 发表于 2022-1-13 09:59
我实验差不多三四十分钟就有反应了,模拟当时设置了2ps,现在不知道怎么解决了··

所以这就说明这个问题没办法靠AIMD解决。如果模拟只跑2ps,那么必须把温度升高到实验上2ps就能看到反应的程度才能在动力学轨迹里观测到反应,你可以用Eyring方程估算一下这个需要多高的温度,我觉得CuCl2恐怕都得变成蒸汽了。
这种ps乃至ns时间尺度下都完全发生不了的反应,不适合用AIMD研究,应该用过渡态理论研究。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-14 10:00:34 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-1-13 18:10
所以这就说明这个问题没办法靠AIMD解决。如果模拟只跑2ps,那么必须把温度升高到实验上2ps就能看到反应的 ...

我懂您的意思了,那我再从另一个角度分析一下这个问题,谢谢

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发表于 Post on 2022-1-17 16:49:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-13 14:03
CucC2+H2O →CuCl+O2+HCl式子明显是错的
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请问sob老师,像这种液相的反应,通过提高到很高的温度来加速反应,审稿人会不会提意见说与实际实验环境不符,这种温度下液相不就蒸发了么

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发表于 Post on 2022-1-17 17:04:13 | 只看该作者 Only view this author
zblxyrz 发表于 2022-1-17 09:49
请问sob老师,像这种液相的反应,通过提高到很高的温度来加速反应,审稿人会不会提意见说与实际实验环境 ...

没错,所以如果计算温度明显高于实验,那么你只能说你找到的反应是存在的,但不能说它们是主要的。如果要找到主要的反应途径,而不是随便找一个不一定有代表性的反应途径,要么得在实验温度下跑AIMD(可以用metadynamics之类的方法加速),要么就找过渡态
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