NPT_F系综下AIMD计算晶格发生平移

Iridium-191 · 发表于 Post on 2022-1-13 09:08:13

各位老师好，本人使用NPT_F系综进行AIMD计算时，晶格中心发生了显著的平移，但是晶胞的大小却是正常的，请问发生这种情况的原因是什么？

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-13 14:11:58

可能是受力计算误差所致，试试把收敛限设严。也没准速度初始化有问题，导致有整体的初速度。

在VMD里用RMSD trajectory tool插件消除平动可解决

Quantum198907 · 发表于 Post on 2022-7-28 15:00:36

您好！我在做分子动力学模拟时使用了NPT_F系综，发现使用PBE泛函或者其他什么泛函都只能算几步就停下来了（CP2K版本为8.2），更换成9.1版本的CP2K还是同样的问题，但使用xTB方法时程序可以正常运行（或者换成NVT系综也没有问题）。请问您用的哪个版本的cp2k？我实在没能力解决了%……&%￥&……（具体麻烦您看一下链接 http://bbs.keinsci.com/thread-31256-1-1.html）

GWQ251 · 发表于 Post on 2023-12-29 08:23:38

sob 老师，请问在用VASP用NPT系综做AIMD的时候，发现盒子的角度发生了变化，原来是90,90,90。现在是91, 88, 93，而且盒子的晶格参数在做NPT的时候收缩得不一样，请问这是由于什么导致的呢。而且，我在做MLMD的时候，发现盒子收缩其实是一样的，而且一些得到的结果应该也是对的。这是我的输入和输出文件，请您过目。

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[CP2K] NPT_F系综下AIMD计算晶格发生平移

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