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[Molclus] 求助:molclus调用高斯和直接利用高斯CPU进程占比差异较大

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社长和各位同仁好:   
       提出问题前,先列出主要电脑配置和计算设置:电脑为16核的Ryzen 9 5950X,内存为32G;在计算时,核数和内存基本全部都调用给了Gaussian。
      鄙人在安装并设置好molclus后,对genmer产生的100帧体系进行构型搜索,发现这样一个现象:当molclus调用Gaussian进行计算时,进程中CPU的占用仅10-20%;而基于gjf文件单独使用Gaussian进行普通任务计算时,CPU占用比常常达到60%以上。表面上单独使用Gaussian计算要更快一点,但后台进程上两种方法显示的都是当下link的进程,以鄙人的水平难以区分。
     所以想请问一下,上述现象是不是不正常的?如果需要调整,该如何调整?

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发表于 Post on 2022-1-14 06:46:11 | 只看该作者 Only view this author
打开molclus调用Gaussian临时产生的Gaussian输出文件gau.out,看文件开头显示当前到底用了多少个核并行
如果和你要用的核数不符,且template.gjf里没明确用%nprocs指定,在里面填上
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-5-20 19:18:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-14 06:46
打开molclus调用Gaussian临时产生的Gaussian输出文件gau.out,看文件开头显示当前到底用了多少个核并行
如 ...

卢老师,您好!
我用molclus调用orca进行构象搜索,算到第5个构象(共36个构象)的时候疑似停止了,cpu占用只有1%。我查看molclus_1.12_Win目录下的orca.out和template.inp,里面的CPU核心数的设定都是对的(我的电脑6核,设置的就是6核),这是为什么呢?
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发表于 Post on 2025-5-21 03:49:19 | 只看该作者 Only view this author
Piggy2907 发表于 2025-5-20 19:18
卢老师,您好!
我用molclus调用orca进行构象搜索,算到第5个构象(共36个构象)的时候疑似停止了,cpu ...

得看orca.out的内容判断可能原因

实在搞不明白也解决不了的话,建议参考以下演示用vmware装个linux虚拟机,跑linux版
在VMware 15中安装CentOS 7.6的完整过程视频演示
http://sobereva.com/454http://bbs.keinsci.com/thread-11806-1-1.html
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发表于 Post on 2025-5-21 08:22:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-21 03:49
得看orca.out的内容判断可能原因

实在搞不明白也解决不了的话,建议参考以下演示用vmware装个linux虚 ...

好的,卢老师。我是在Windows上跑的。orca.out文件最后对应的就是第4个构象(最后一个正常完成的构象)的计算。
下面是orca.out文件的链接: https://pan.baidu.com/s/1vw8bDGP1bNy_jATnNd3diQ?pwd=jbe3
抱歉,因为以前没怎么使用过论坛,导致回复发重复了,麻烦您把另外两个重复的回复不审核通过
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发表于 Post on 2025-5-21 08:54:50 | 只看该作者 Only view this author
Piggy2907 发表于 2025-5-21 08:22
好的,卢老师。我是在Windows上跑的。orca.out文件最后对应的就是第4个构象(最后一个正常完成的构象)的 ...

看不出什么问题

如果你不慎点击了molclus的运行窗口,导致进入快速编辑模式,会使得molclus处于暂停状态,看看是不是这个问题。如果不是的话,我也想不出什么原因了,只能尝试linux版
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发表于 Post on 2025-5-21 09:12:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-21 08:54
看不出什么问题

如果你不慎点击了molclus的运行窗口,导致进入快速编辑模式,会使得molclus处于暂停状 ...

好的,我再试试看。谢谢卢老师!
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sobereva 发表于 2025-5-21 08:54
看不出什么问题

如果你不慎点击了molclus的运行窗口,导致进入快速编辑模式,会使得molclus处于暂停状 ...

卢老师,问题解决了,就是因为进入了快速编辑模式。谢谢!
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