氢键能量怎么算

浅原问问 · 发表于 Post on 2016-2-26 09:03:04

请问老师，像这个表格里的氢键能量和氢键相互作用能量，应该分别用什么方法计算？

dxyan · 发表于 Post on 2016-2-26 09:42:29

同问，顶

tjuchan · 发表于 Post on 2016-2-26 10:30:51

平均氢键个数。这是动力学统计的结果么

浅原问问 · 发表于 Post on 2016-2-26 11:08:40

tjuchan 发表于 2016-2-26 10:30
平均氢键个数。这是动力学统计的结果么

我查到的说是氢键的个数可以用gromacs计算，在参数运行脚本里加上g_hbond就可以了，但我自己是用amber跑的，所以还没有试，也不确定行不行

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-2-26 14:05:56

“文中的值用什么方法计算”这样的问题不应该在文中找么(-_-)

sobereva · 发表于 Post on 2016-2-26 15:03:58

hydrogen-bond energy那项你得看文中具体怎么定义怎么算的，要不然就只能靠猜了，本身这并没有通用的方式计算

mol · 发表于 Post on 2016-2-27 09:23:02

同好奇如何计算氢键能

浅原问问 · 发表于 Post on 2016-3-2 20:39:05

liyuanhe211 发表于 2016-2-26 14:05
“文中的值用什么方法计算”这样的问题不应该在文中找么(-_-)

是这样的，我在文中没有找到，还担心自己看漏了请师兄师姐都看了，最后还是没有找到，他是直接就列出来了，关于这个表格就说了最后一项Hydrogen-bond interaction energ等于表格前两项的乘积，其他就没有别的信息了

sobereva · 发表于 Post on 2016-3-2 21:56:07

浅原问问发表于 2016-3-2 20:39
是这样的，我在文中没有找到，还担心自己看漏了请师兄师姐都看了，最后还是没有找到，他是直接就列出来了 ...

是作者没写清楚，算这个的做法有多种可能性，怎么算的只有作者自己才最清楚，如果确实想弄明白最好发邮件问作者

浅原问问 · 发表于 Post on 2016-3-3 10:46:21

sobereva 发表于 2016-3-2 21:56
是作者没写清楚，算这个的做法有多种可能性，怎么算的只有作者自己才最清楚，如果确实想弄明白最好发邮件 ...

好的，我明白了，谢谢老师

cwindy · 发表于 Post on 2016-3-11 13:56:19

我觉得是不是可以把文章的名字和大家分享一下（如果不能上传附件的话）。。。

其实我也有点好奇。。。

XYwinne · 发表于 Post on 2016-3-19 12:29:43

浅原问问发表于 2016-3-2 20:39
是这样的，我在文中没有找到，还担心自己看漏了请师兄师姐都看了，最后还是没有找到，他是直接就列出来了 ...

是不是在supporting information里面？

浅原问问 · 发表于 Post on 2016-3-29 10:33:14

cwindy 发表于 2016-3-11 13:56
我觉得是不是可以把文章的名字和大家分享一下（如果不能上传附件的话）。。。

其实我也有点好奇。。。

这是张晓春老师发表在I&EC上的文章，Influence of Microstructure and Interaction on Viscosity of Ionic
Liquids

浅原问问 · 发表于 Post on 2016-3-29 10:35:01

XYwinne 发表于 2016-3-19 12:29
是不是在supporting information里面？

没有，联系了文章作者，他们说是自己编写的小程序自己计算的

XYwinne · 发表于 Post on 2016-3-29 19:08:15

他也不是用GROMACS跑的动力学啊，GMX没法单独将氢键提取出来，网上有说将轨迹导出来到Amber里算氢键，但是我没试过，不知道可行不可行。

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[综合交流] 氢键能量怎么算