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[Multiwfn使用咨询] 求助有机分子和金属离子作用体系的AICD和NICS计算

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发表于 Post on 2022-1-15 10:45:25 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
老师们好,最近在计算一个吩嗪分子和钾离子作用的体系(吩嗪分子两个N分别和两个K作用),结构优化用的是b3lyp def2svp,目前遇到两个问题:
1、如果我只想考虑吩嗪分子的pi轨道,在multiwfn里显示pi轨的时候如何区别哪些占据为2的pi轨是吩嗪的那些是K原子的呢?
2、计算NICS的时候发现 nmr=giao b3lyp def2svp算不了会报错,我应该如何计算吩嗪分子三个环的NICS(1)zz值呢?
新手上路,请各位老师赐教。

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发表于 Post on 2022-1-15 14:22:38 | 显示全部楼层 Show all
1 Multiwfn直接能识别哪些MO是pi轨道,看下文。之后用Multiwfn主功能0自己肉眼依次看自动给你识别出的pi轨道的特征进一步验证
在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征
http://sobereva.com/432http://bbs.keinsci.com/thread-10610-1-1.html

2 问报错怎么解决永远要说清楚显示什么报错
仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-15 16:01:44 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 Fencros7y 于 2022-1-15 16:03 编辑
sobereva 发表于 2022-1-15 14:22
1 Multiwfn直接能识别哪些MO是pi轨道,看下文。之后用Multiwfn主功能0自己肉眼依次看自动给你识别出的pi轨 ...

感谢sobereva老师回复。
1、根据您给的帖子,在multiwfn中使用了查找pi轨道的功能,然后在主菜单功能0中观看了对应的轨道,问题已经解决,谢谢。
2、是我提供的信息不够,下面附上了计算用的gjf文件和计算生成的log文件,如果老师有空的话请过目。

phenazine-2K-opt.gjf

1.7 KB, 阅读权限: 200, 下载次数 Times of downloads: 1

phenazine-2K-opt.log

13.67 KB, 阅读权限: 200, 下载次数 Times of downloads: 1

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发表于 Post on 2022-1-15 20:40:49 | 显示全部楼层 Show all
Fencros7y 发表于 2022-1-15 16:01
感谢sobereva老师回复。
1、根据您给的帖子,在multiwfn中使用了查找pi轨道的功能,然后在主菜单功能0中 ...

程序bug
尝试通过自定义基组方式用def2-SVP,或者尝试G16(实测G16 B.01可以跑)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-15 22:59:03 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2022-1-15 20:40
程序bug
尝试通过自定义基组方式用def2-SVP,或者尝试G16(实测G16 B.01可以跑)

我去试试,再次感谢sobereva老师回复。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-17 09:45:32 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2022-1-15 20:40
程序bug
尝试通过自定义基组方式用def2-SVP,或者尝试G16(实测G16 B.01可以跑)

sob老师您好,通过师兄的指点利用gen成功优化了该体系结构,不过在尝试画AICD的时候遇到了如下问题:
1、优化之后的两个K原子不和吩嗪分子共平面了,因此在使用multiwfn的寻找pi轨道功能的时候无法找到平面;
2、优化之后吩嗪分子的原子视觉上是共平面的,但发应该是发生了旋转,导致原本全部为0的z坐标也不为零了;我尝试搜索了一下这种情况,发现您曾经做过如下回答:“几何优化完之后,把结构载入Multiwfn,进入主功能300的子功能7,选择10 Make the plane defined by selected atoms parallel to a Cartesian plane,然后输入一批原子,此时程序会旋转体系,使得根据这批原子拟合的平面平行于某个笛卡尔平面”,但我进入主功能300的时候发现没有子功能7,请问老师如何解决呢?
以下附上计算输入和输出的文件,希望老师有空能解答一下。

phenazine-2K-gen.rar

859.67 KB, 阅读权限: 200, 下载次数 Times of downloads: 1

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发表于 Post on 2022-1-17 11:15:06 | 显示全部楼层 Show all
Fencros7y 发表于 2022-1-17 09:45
sob老师您好,通过师兄的指点利用gen成功优化了该体系结构,不过在尝试画AICD的时候遇到了如下问题:
1 ...

给K用lanl2DZ是很烂的选择
用6-311G*优化再说,并且做振动分析

体系不是纯平的就没法严格判断什么分子轨道是pi轨道
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