经验贴：对于使用packmol+lammps的小白可以进来看看，手把手教使用，保姆级。

mengxiangidea

对于使用packmol+lammps的小白可以进来看看，手把手教使用，保姆级。

alonewolfyang

挺好的教程，只是4页称不上保姆级吧

mengxiangidea

alonewolfyang 发表于 2022-1-16 17:19
挺好的教程，只是4页称不上保姆级吧

命令在论坛里面或者手册里面都有，主要针对从没有接触过计算机仿真的手把手的小白，对于有计算机基础的确实不算保姆级，仅个人意见，我当初对于这些全是自己摸索，而且也没看见有人发过。

chaochao

向您请教一个问题，我用ms建立了CO2，H2O, CO2 hydrate的pdb，我写的inp文件内容是：tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
output mixmodel.pdb
structure CO2.pdb
number 64
inside box 0.0.0.30.30.20
end structure
structure H2O.pdb
number 368
inside box 0.0.0.30.30.20
end structure
structure chaojingbao.pdb
number 1
inside box 0.0.0.20.30.30.50
end structure
structure CO2.pdb
number 6
inside box 0.0.0.50.30.30.70
end structure
structure H2O.pdb
number 368
inside box 0.0.0.50.30.30.70
end structure
但出现了这样的问题，请问这种情况应该怎么解决呀

mengxiangidea

chaochao 发表于 2022-4-30 16:13
向您请教一个问题，我用ms建立了CO2，H2O, CO2 hydrate的pdb，我写的inp文件内容是：tolerance 2.0[/backco ...

你的盒子为什么是七个参数？在inside box的时候，里面坐标是：x轴最小值、y最小值、z最小值、x轴最大值、y轴最大值、z轴最大值。而且每个参数之间需要有空格隔开。