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[Lammps] 经验贴:对于使用packmol+lammps的小白可以进来看看,手把手教使用,保姆级。

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发表于 Post on 2022-1-16 17:03:25 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
对于使用packmol+lammps的小白可以进来看看,手把手教使用,保姆级。

packmol vmd lammps建模过程.pdf

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发表于 Post on 2022-1-16 17:19:16 | 显示全部楼层 Show all
挺好的教程,只是4页称不上保姆级吧
用心去观察这纷纷扰扰的红尘

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-16 19:02:32 | 显示全部楼层 Show all
alonewolfyang 发表于 2022-1-16 17:19
挺好的教程,只是4页称不上保姆级吧

命令在论坛里面或者手册里面都有,主要针对从没有接触过计算机仿真的手把手的小白,对于有计算机基础的确实不算保姆级,仅个人意见,我当初对于这些全是自己摸索,而且也没看见有人发过。

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发表于 Post on 2022-4-30 16:13:56 | 显示全部楼层 Show all
向您请教一个问题,我用ms建立了CO2,H2O, CO2 hydrate的pdb,我写的inp文件内容是:tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
output mixmodel.pdb
structure CO2.pdb
number 64
inside box 0.0.0.30.30.20
end structure
structure H2O.pdb
number 368
inside box 0.0.0.30.30.20
end structure
structure chaojingbao.pdb
number 1
inside box 0.0.0.20.30.30.50
end structure
structure CO2.pdb
number 6
inside box 0.0.0.50.30.30.70
end structure
structure H2O.pdb
number 368
inside box 0.0.0.50.30.30.70
end structure
但出现了这样的问题,请问这种情况应该怎么解决呀


202204301613522389..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-30 22:28:48 | 显示全部楼层 Show all
chaochao 发表于 2022-4-30 16:13
向您请教一个问题,我用ms建立了CO2,H2O, CO2 hydrate的pdb,我写的inp文件内容是:tolerance 2.0[/backco ...

你的盒子为什么是七个参数?在inside box的时候,里面坐标是:x轴最小值、y最小值、z最小值、x轴最大值、y轴最大值、z轴最大值。而且每个参数之间需要有空格隔开。

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