用v-rescaling和NHC方法各自跑出来一条轨迹，怎么评价两个方法的好坏呢？

dlldwtz

比如我模拟用NVT系综模拟几千个He原子，用v-rescaling和NHC方法各自跑出来一条轨迹，接下来怎么评价两个方法的好坏呢？计算平均值，涨落？

sobereva

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“求助：MD跑出来一条轨迹之后接下来该什么”改了，以后务必注意

就用V-rescale就行了，没什么原理上的问题，不要多虑。如果按下文确认在某个时刻体系已经充分平衡了，就可以对之后的轨迹做统计分析了
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

ene

对于He流体这种体系，一般来讲可以和标准结果对照一下RDF曲线，扩散系数这些性质，来确定模拟结果是不是合理的。从能量角度考虑的话可以把有效能量（在有些程序里面可能会叫守恒性质）画出来，看看是不是基本稳定的。