如何使用MD构建显性溶剂模型？

lei234 · 发表于 Post on 2022-1-17 20:38:27

这里介绍了不使用MD构建显性溶剂模型的方法，文中提到可以使用MD构建，请问如何构建呢？
http://sobereva.com/406

naoki · 发表于 Post on 2022-1-18 00:29:35

按照文中方法，用packmol建好盒子，然后跑MD优化盒子结构就行了
文中使用MOPAC之类半经验程序来优化显式溶剂结构，是为了给要做量化但是嫌MD麻烦的人提供个便捷方法

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-18 09:39:27

最简单的做法，用genmer或packmol构建一个水包着溶质分子的团簇，然后用xtb程序跑动力学（同时带上隐式溶剂模型，最好再加上球形限制势避免水跑出）。这样你也不用学GROMACS等经典力场程序的使用。参考
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html（http://sobereva.com/532）

lei234 · 发表于 Post on 2022-1-18 09:55:22

naoki 发表于 2022-1-18 00:29
按照文中方法，用packmol建好盒子，然后跑MD优化盒子结构就行了
文中使用MOPAC之类半经验程序来优化显式溶 ...

感谢回复！

lei234 · 发表于 Post on 2022-1-18 09:56:20

sobereva 发表于 2022-1-18 09:39
最简单的做法，用genmer或packmol构建一个水包着溶质分子的团簇，然后用xtb程序跑动力学（同时带上隐式溶剂 ...

收到，非常感谢！

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[综合交流] 如何使用MD构建显性溶剂模型？