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[GROMACS] 提取单个水分子转动动能的问题

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楼主
请问Gromacs跑完后如何提取单个水分子的转动势能呢?比如说纯水。
gmx traj -ekr -ekt 好像可以提取某个组的转动和平动动能,我试了以下命令
'gmx traj -s MDprd.tpr -f MDprd.trr -n water_index.ndx -ekr water_EKR.xvg -ekt water_EKT.xvg'
然后发现,平动动能(ekt)似乎没有问题,跟用1/2mv^2得到的结果一致。
然而,转动动能(ekr)竟然出现负值,而且某些时刻量级非常大,很明显有问题。
更有意思的是,这个命令我反复执行的时候,平动动能每次都不变,转动动能却有时候会剧烈变化.

请问是不是哪里出现了问题呢?
谢谢大家!


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发表于 Post on 2022-1-23 22:10:39 | 只看该作者 Only view this author
“反复执行的时候,平动动能每次都不变,转动动能却有时候会剧烈变化”这种事应该是程序bug
先尝试目前最新版,还有问题的话到官方论坛里报告
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-25 19:08:24 | 只看该作者 Only view this author
好的,我用最新版试试。 谢谢sobereva老师!

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发表于 Post on 2022-2-9 10:26:08 | 只看该作者 Only view this author
您好,我想问一下您用1/2mv^2的时候是如何换算的单位?直接用1/2mv^2算出来的应该是焦耳的单位吧,怎么换算成KJ/mol呢?

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发表于 Post on 2022-2-10 12:11:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-23 22:10
“反复执行的时候,平动动能每次都不变,转动动能却有时候会剧烈变化”这种事应该是程序bug
先尝试目前最 ...

请问卢老师2018.8版本能否计算平动动能和转动动能呢?

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发表于 Post on 2022-2-11 01:14:15 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2022-2-10 12:11
请问卢老师2018.8版本能否计算平动动能和转动动能呢?

试试便知,我都给了现成的预编译版

GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法(支持GPU加速)
http://sobereva.com/458http://bbs.keinsci.com/thread-11848-1-1.html
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发表于 Post on 2022-2-11 01:14:57 | 只看该作者 Only view this author
DeductionV 发表于 2022-2-9 10:26
您好,我想问一下您用1/2mv^2的时候是如何换算的单位?直接用1/2mv^2算出来的应该是焦耳的单位吧,怎么换算 ...

J为单位的数值除以1000再除以阿伏伽德罗常数就是
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发表于 Post on 2022-2-11 13:26:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-11 01:14
试试便知,我都给了现成的预编译版

GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法(支持GPU加速)

卢老师,如果是换版本的话是不是轨迹要重新跑一遍呢?

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发表于 Post on 2022-2-11 15:14:53 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2022-2-11 13:26
卢老师,如果是换版本的话是不是轨迹要重新跑一遍呢?

不用
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