CASTEP或者VASP计算ZnO表面吸附DNT分子（N,N-二硝基甲苯）

卡开发发

lwj 发表于 2016-10-19 19:22
计算几个不同晶格常数的能量，得到一个晶格常数与能量之间3次或以下的关系曲线，然后取一个能量最低的晶 ...

每个晶格都做非变胞的优化，然后拟合找出能量最低的晶格常数，将其构造成晶格后做非变胞优化。大体上可以理解为拟合只是为了内插得到能量最低的那个。

lwj

卡开发发 发表于 2016-10-19 18:43
我主要大概看看什么样的参数能够收敛。DMol3我觉得没法很好优化晶格，不优化晶格当然是不合理的，所以比 ...

我试了一下，不优化晶胞，按文献中进行，（110）晶面用了9步就收敛了，但是（001）面还是不收敛

lwj

卡开发发 发表于 2016-10-19 18:43
我主要大概看看什么样的参数能够收敛。DMol3我觉得没法很好优化晶格，不优化晶格当然是不合理的，所以比 ...

我试了一下不优化晶胞，优化结构按文献里进行，结果（110）面9步就fine精度收敛了，（001）面还是不收敛。

卡开发发

lwj 发表于 2016-10-23 17:34
我试了一下不优化晶胞，优化结构按文献里进行，结果（110）面9步就fine精度收敛了，（001）面还是不收敛 ...

先调整一下结构，比如表面凸出来的原子可能会塌下去些。然后降低density mixing的charge先看看，实在不行连spin也降下来，001我测试过了。

lwj

卡开发发 发表于 2016-10-23 22:42
先调整一下结构，比如表面凸出来的原子可能会塌下去些。然后降低density mixing的charge先看看，实在不行 ...

谢谢您，我先还以为将表面层原子都往下移，结果不行。

lwj

卡开发发 发表于 2016-10-23 22:42
先调整一下结构，比如表面凸出来的原子可能会塌下去些。然后降低density mixing的charge先看看，实在不行 ...

老师，您好，我通过手动调节使结构fine精度收敛了，但是由于调的不准，使结构相同的键长不等，现在打算用坐标调，请问一般调整长度在多少合适？

卡开发发

lwj 发表于 2016-10-24 19:29
老师，您好，我通过手动调节使结构fine精度收敛了，但是由于调的不准，使结构相同的键长不等，现在打算用 ...

把视角调整到沿着晶格的a或b的方向，直接选中表面一排原子，然后按住Shift+Alt+↓，长度差不多就行。

lwj

卡开发发 发表于 2016-10-24 19:43
把视角调整到沿着晶格的a或b的方向，直接选中表面一排原子，然后按住Shift+Alt+↓，长度差不多就行。

我最开始就是这样，但是基本不收敛后来挨个把突出的，相邻原子不对称的按受力方向调整，最快course在第10步收敛，我想是不是初始模型偏离太多，用其他的模块低精度优化一下，再用dmol3优化，比较好操作，刚才在试用castep低精度优化，电子收敛的还行

卡开发发

lwj 发表于 2016-10-24 20:24
我最开始就是这样，但是基本不收敛后来挨个把突出的，相邻原子不对称的按受力方向调整，最快course在第10 ...

为啥要用低精度的做呢？结果也可能是因为精度过低而不可靠。

lwj

卡开发发 发表于 2016-10-24 20:58
为啥要用低精度的做呢？结果也可能是因为精度过低而不可靠。

感觉Dmol3优化有问题主要是初始结构不好，用castep优化使初始结构变好，后面再用dmol3结果应该也和文献能符合的较好，从目前变化趋势castep优化的很好的，主要要保持使用的软件基本一致

卡开发发

lwj 发表于 2016-10-24 21:35
感觉Dmol3优化有问题主要是初始结构不好，用castep优化使初始结构变好，后面再用dmol3结果应该也和文献能 ...

不见得，赝势不同，基组也不同，会有些小差异。

lwj

卡开发发 发表于 2016-10-24 22:08
不见得，赝势不同，基组也不同，会有些小差异。

我的理解是直接切出来的结构恰好是Dmol3不能处理好的一个坎，只要对表面原子稍微合理的调整就可以很好的，符合实验的收敛（表面原子向内不收敛，调了几次，幅度不一样，结果也有较大的差异），但是直接手动调没有让人信服的依据，而且不一定能很好的重复，所以通过其他能较好处理这个的模块处理一下就行了，昨天castep算到一半出问题了，就直接拿更新的结构Dmol3优化，现在已经fine精度收敛，再做一个收敛的看看重复性。最后再次感谢您，我都快放弃这个课题了，在这里卡了快1个月了，要不是您的指点，可能真跨不过这道坎。

卡开发发

lwj 发表于 2016-10-25 11:19
我的理解是直接切出来的结构恰好是Dmol3不能处理好的一个坎，只要对表面原子稍微合理的调整就可以很好的 ...

直接切出来的结构恰好是Dmol3不能处理好的一个坎

你的系统使用拟合晶体状态方程就能解决，我认为不是大问题。

但是直接手动调没有让人信服的依据

调整初始结构的话不是必要在文章中交代的，这个纯粹是技巧，就和你SCF改变初猜也不必在文章中阐明那样。因为最终还是要做结构优化，所以“原则上”初始结构不同不会影响结构优化最终的结果（之所以说原则上是因为实际上还有数值截断的问题，不同初始结构趋近因此而有些许差异，收敛精度足够高这种差异就会足够小）。

昨天castep算到一半出问题了，就直接拿更新的结构Dmol3优化

CASTEP做出来不见得和DMol3的结果相同，但具体原因我尚不清楚，也许是基函数差异，也许是赝势差异。

lwj

卡开发发 发表于 2016-10-25 12:46
你的系统使用拟合晶体状态方程就能解决，我认为不是大问题。

调整初始结构的话不是必要在文章中交代 ...

如果结果对初始结构十分敏感，是不是参数存在问题啊？我发现优化（001）面就是受初始结构影响很大，觉得有必要再看看指导手册了，对参数再调一调，另外请问真空层厚度测试取得差值一般多大比较合适？

卡开发发

lwj 发表于 2016-10-25 15:13
如果结果对初始结构十分敏感，是不是参数存在问题啊？我发现优化（001）面就是受初始结构影响很大，觉得 ...

无关，磁性结构一般可能都存在这种情况。其实不做调整原则上通过修改density mixing也能够做出来，就是要反复测试charge和spin会很麻烦而已。

对于DMol3可以取足够大的真空层，计算量增加的量很少，保险起见可以空出这样的距离：吸附物的顶端到盒子顶端20A，这样就差不多了，必要的话可以更大。