判断寻找氢转移过渡态跑IRC之后，后中间体结构问题

吴双 · 发表于 Post on 2022-1-25 17:23:48

大家好，我在找一个氢转移的过渡态，大体过程是Pt上的H发生转移到C上，使得上面的整体结构变成一个椅式环己醇，过渡态的振动方式和虚频都没有问题，但是在最后跑IRC的过程中，Pt-H距离为1.68（初始距离为1.52），C-H键长1.24（在优化好的环己醇中，C-H为1.09），想请教一个各位老师，现在的结构可以说明已经生成环己酮了么，还是说需要在IRC的后中间体结构上，在寻找一个过渡态，使得C-H距离为1.09。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-1-25 17:31:06

本帖最后由 wzkchem5 于 2022-1-25 10:32 编辑

这个算是环己醇和环己酮之间吧，C-H键1.24埃不好说完全成键，比如画结构式最好画成虚线。但是也不是必须缩短到1.09埃，如果略微超过1.10埃也可以算成键，具体没有硬性标准

吴双 · 发表于 Post on 2022-1-25 20:27:38

wzkchem5 发表于 2022-1-25 17:31
这个算是环己醇和环己酮之间吧，C-H键1.24埃不好说完全成键，比如画结构式最好画成虚线。但是也不是必须缩 ...

老师那现在这种情况可以认为Pt上的H转移到C上不能一步完成，后续需要在优化目前的这个结构，在优化好的结构上寻找过渡态，使得C-H键距离在1.10左右。

fatpig · 发表于 Post on 2022-1-26 11:59:46

IRC结束时的结构是需要优化的，说不定C-H键优化完就变成你要的1.10了，也不用再找过渡态了。

吴双 · 发表于 Post on 2022-1-26 19:58:58

fatpig 发表于 2022-1-26 11:59
IRC结束时的结构是需要优化的，说不定C-H键优化完就变成你要的1.10了，也不用再找过渡态了。

看目前优化的情况，C-H键距离为1.22，有一个问题比较纠结，想请教一下，我想在目前优化的结构上，找到一个过渡态是H相对远离Pt,靠近C,那这时候环己醇相对独立，催化剂也是独立的，在输入文件里的电荷和自选多重度会有影响么？

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