求助：[ constraints ]的写法问题

ljc050512 · 发表于 Post on 2022-2-5 13:12:24

我在跑下面这个含金属的蛋白MD时候，想把金属离子及与其配位的两个N原子之间的距离进行限定。两个N原子的信息在topol_Protein_chain_A.itp里面，金属离子的信息在topol_Other.itp里面。金属离子在protein.gro里面的序号是3937，两个N原子的序号在protein.gro里面分别是2094和2793。下面是topol.top文件的内容。;    Command line:
;    gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -p topol.top
; Force field was read from the standard GROMACS share directory.
;

; Include forcefield parameters
#include "gromos54a7.ff/forcefield.itp"

; Include chain topologies
#include "topol_Protein_chain_A.itp"
#include "topol_Other.itp"

; Include water topology
#include "gromos54a7.ff/spc.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct    fcx       fcy       fcz
1 1    1000    1000    1000
#endif

; Include topology for ions
#include "gromos54a7.ff/ions.itp"

[ system ]
; Name
Protein in water

[ molecules ]
; Compound       #mols
Protein_chain_A    1
Other             1
SOL          23912

[ constraints ]
2094 3937 1 0.1934
2793 3937 1 0.2045

我把[ constraints ]写在了末尾，但是报错为
ERROR 1 [file topol.top, line 52]:
  Atom index (2094) in constraints out of bounds (1-3).
  This probably means that you have inserted topology section "constraints"
  in a part belonging to a different molecule than you intended to.
  In that case move the "constraints" section to the right molecule.

我想请教诸位前辈，[ constraints ]写在哪里能解决这个问题呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-6 02:37:45

没写对位置
[ constraints ]是对上面紧挨着的[moleculetype]里的分子来定义的，[ constraints ]应当出现在定义某个moleculetype的部分里面，并且序号必须是被定义的那个分子里的原子序号而非全局序号

ljc050512 · 发表于 Post on 2022-2-6 09:19:37

sobereva 发表于 2022-2-6 02:37
没写对位置
[ constraints ]是对上面紧挨着的[moleculetype]里的分子来定义的，[ constraints ]应当出现在 ...

谢谢老师指导，我再去试试。

团团团子zzz · 发表于 Post on 2023-3-1 16:42:30

sobereva 发表于 2022-2-6 02:37
没写对位置
[ constraints ]是对上面紧挨着的[moleculetype]里的分子来定义的，[ constraints ]应当出现在 ...

sob老师，您好，那如果要加约束的是一个单独的离子和一个蛋白中的原子也可以这样做吗，他们俩不在一个moleculetype里面，是两条链。如果不能，这种情况该怎么加约束呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-2 05:17:58

团团团子zzz 发表于 2023-3-1 16:42
sob老师，您好，那如果要加约束的是一个单独的离子和一个蛋白中的原子也可以这样做吗，他们俩不在一个mol ...

没法用约束，顶多用谐振势

团团团子zzz · 发表于 Post on 2023-3-2 20:12:38

本帖最后由团团团子zzz 于 2023-3-2 20:49 编辑

sobereva 发表于 2023-3-2 05:17
没法用约束，顶多用谐振势

sob老师，我将一个金属离子和蛋白中的三个原子做了距离限制，有如下报错，用的是全局序列，请问这个该怎么解决呢？蛋白的拓扑文件太大没能上传ERROR 1 [file topol.top, line 29]:
  Atom index (3011) in distance_restraints out of bounds (1-1).
  This probably means that you have inserted topology section
  "distance_restraints"
  in a part belonging to a different molecule than you intended to.
  In that case move the "distance_restraints" section to the right molecule.

topol.top (1.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

topol_Ion_chain_B2.itp (960 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

file:///C:/Users/19605/Desktop/distance_restraints.png

另外我还做了一组直接将zn离子加在了一个CYS里，并改为CYM，并在rtp文件中的cym残基中加入了zn原子，这样就可以做上述的距离限制了，不过有这个note，不知可不可以忽略：NOTE 4 [file unknown]:
disre = no, removed 3 distance restraints

Removing all charge groups because cutoff-scheme=Verlet
但是我的师兄提示我，尽量不要更改残基内容，可能会导致残基行为变化，请问老师可有什么更好的办法？谢谢！

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