Gromacs进行模拟后提取RMSD数据出错

uenh1998 · 发表于 Post on 2022-2-7 23:46:11

各位老师晚上好，最近我在利用Gromacs做DNA蛋白复合物方面的模拟，md模拟完成后提取RMSD数据时，出现了如图所示的错误，想了好久还是没找到出现这个错误的原因以及解决办法，特此请教一下，十分感谢老师们!

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-8 01:30:07

用VMD载入轨迹看能否成功，如果能，用自带的RMSD Trajectory Tool插件计算RMSD就完了

uenh1998 · 发表于 Post on 2022-2-8 10:59:14

本帖最后由 uenh1998 于 2022-2-8 11:06 编辑

sobereva 发表于 2022-2-8 01:30
用VMD载入轨迹看能否成功，如果能，用自带的RMSD Trajectory Tool插件计算RMSD就完了

谢谢社长的回复，关于我在这个体系有个问题：1、体系原子太多了，包含溶剂的。我是设置了较大的时间间隔载入，然而载入VMD时出现了第二幅图这样的错误。我就试图将溶剂去掉再操作，在去掉溶剂的过程中出现了第一幅图这样的错误。想知道报错的原因有没什么好的方法计算这样大体系，长时间的RMSD。
2、报这两幅图的错误是偶然的吗？是不是我可能的哪一步出现了问题？

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-8 23:40:57

用Google搜magic number error in xtc file就能找到答案。可能轨迹文件损坏了（如断电、硬盘故障等）

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[GROMACS] Gromacs进行模拟后提取RMSD数据出错

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