寻找过渡态势能面扫描断点问题

yujinhang · 发表于 Post on 2022-2-10 11:32:20

在寻找过渡态时，我借助势能面扫描，得到存在断点的曲线图。断点前后结构存在突变。
在这个反应中，这个化合物本身无法生成，导师的意思是让我算下它过渡态的能量，指明为什么形不成。
我对该结构的最高点进行了过渡态优化opt(ts,calcfc,noeigen)，没有得到理想的。最终收敛到加对甲苯磺酰基甲基旋转。对下点进行优化则直接收敛到了成环的产物（五并五）。
请老师给点意见，这种情况怎么处理。

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2022-2-10 21:35:23

有可能右侧的波函数不稳定。检验断点的波函数稳定性。优化到稳定波函数后，读取波函数重新扫描。

yujinhang · 发表于 Post on 2022-2-10 21:36:14

hebrewsnabla 发表于 2022-2-10 21:35
有可能右侧的波函数不稳定。检验断点的波函数稳定性。优化到稳定波函数后，读取波函数重新扫描。

具体怎么操作下，关键词怎么写

yujinhang · 发表于 Post on 2022-2-10 21:37:35

hebrewsnabla 发表于 2022-2-10 21:35
有可能右侧的波函数不稳定。检验断点的波函数稳定性。优化到稳定波函数后，读取波函数重新扫描。

我目前优化过渡态用的是#p M062X/def2svp opt(ts,calcfc,noeigen) freq SCRF=(solvent=dichloroethane)

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2022-2-10 21:46:47

yujinhang 发表于 2022-2-10 21:36
具体怎么操作下，关键词怎么写

取断点右侧的结构做一个单点，添加stable=opt关键词。意思是检验波函数稳定性，如果不稳定则优化至稳定。

yujinhang · 发表于 Post on 2022-2-10 21:53:13

hebrewsnabla 发表于 2022-2-10 21:46
取断点右侧的结构做一个单点，添加stable=opt关键词。意思是检验波函数稳定性，如果不稳定则优化至稳定。

老师，就是说取最高点右边的那个点，在进行#p M062X/def2svp opt=stable freq SCRF=(solvent=dichloroethane)

本人小白，望老师不要责怪。

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-2-10 21:54:36

本帖最后由 zjxitcc 于 2022-2-10 21:56 编辑

yujinhang 发表于 2022-2-10 21:53
老师，就是说取最高点右边的那个点，在进行#p M062X/def2svp opt=stable freq SCRF=(solvent=dichloroeth ...

5L说的是stable=opt，你不能复制都复制错了。
注1：stable不能与结构优化opt 或频率分析freq 一起使用。
注2：stable=opt这个词里的opt与结构优化opt 是两码事。

yujinhang · 发表于 Post on 2022-2-10 21:55:45

hebrewsnabla 发表于 2022-2-10 21:46
取断点右侧的结构做一个单点，添加stable=opt关键词。意思是检验波函数稳定性，如果不稳定则优化至稳定。

要是稳定了，在进行什么操作？直接拿它去优化过渡态了吗？

yujinhang · 发表于 Post on 2022-2-10 21:56:55

zjxitcc 发表于 2022-2-10 21:54
5L说的是stable=opt，你不能复制都复制错了。
注1：stable不能与结构优化opt 或频率分析freq 一起使用 ...

ok,谢谢大佬。

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2022-2-10 22:02:31

yujinhang 发表于 2022-2-10 21:55
要是稳定了，在进行什么操作？直接拿它去优化过渡态了吗？

如果第一次检验就是稳定的，说明断点不是由这个原因导致的，可能是其他原因，例如断点两侧的构象变化。
如果一开始不稳定，然后优化至稳定，说明我们分析的是正确的。你可以读取这个结构和波函数（一定要读波函数），向两侧重新扫描。扫描没有断点了才能讨论过渡态的事。

yujinhang · 发表于 Post on 2022-2-10 22:05:29

hebrewsnabla 发表于 2022-2-10 22:02
如果第一次检验就是稳定的，说明断点不是由这个原因导致的，可能是其他原因，例如断点两侧的构象变化。
...

老师，读取波函数是要用什么关键词，拿构型的最后一帧，然后guess=read???

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2022-2-10 22:07:46

yujinhang 发表于 2022-2-10 22:05
老师，读取波函数是要用什么关键词，拿构型的最后一帧，然后guess=read???

现在让你做的是单点计算，不存在什么“最后一帧”。
是的，guess=read可以读波函数，注意chk文件需要设置成稳定波函数对应的chk。

yujinhang · 发表于 Post on 2022-2-10 22:10:09

hebrewsnabla 发表于 2022-2-10 22:07
现在让你做的是单点计算，不存在什么“最后一帧”。
是的，guess=read可以读波函数，注意chk文件需要设 ...

ok,我试试看

yujinhang · 发表于 Post on 2022-2-11 12:55:53

hebrewsnabla 发表于 2022-2-10 22:07
现在让你做的是单点计算，不存在什么“最后一帧”。
是的，guess=read可以读波函数，注意chk文件需要设 ...

老师，第一次做他就稳定了貌似，你帮我看看。那也就是说是结构突变引起的了。那我该怎么做接下来。

yujinhang · 发表于 Post on 2022-2-11 19:02:07

hebrewsnabla 发表于 2022-2-10 22:02
如果第一次检验就是稳定的，说明断点不是由这个原因导致的，可能是其他原因，例如断点两侧的构象变化。
...

老师，这是断点势能面扫描图

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