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[GROMACS] 求助,NPT模拟完成后,体系盒子为什么并未发生改变?

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请问,我在进行了20ns的NPT模拟后,为什么体系的盒子没有改变(体系中的分子聚集发生聚集)。相关的mdp文件见下。


eq.mdp

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发表于 Post on 2022-2-11 04:50:51 | 只看该作者 Only view this author
所有原子在图里都显示出来了?空白地方是真空区?
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-11 09:57:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-11 04:50
所有原子在图里都显示出来了?空白地方是真空区?

是的,老师。其他地方都是真空区

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-11 14:43:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-11 04:50
所有原子在图里都显示出来了?空白地方是真空区?

老师,请问您知道大概是哪出问题了吗?有什么解决办法吗? 谢谢您

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发表于 Post on 2022-2-11 15:13:28 | 只看该作者 Only view this author
按理说随着模拟进行盒子会逐渐缩小
画一个盒子尺寸随模拟时间的图,看看是否有缩小趋势。如果还在缩小,只不过缩小得太慢,可以把tau_p设小,让盒子变化更快一些
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-11 16:22:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-11 15:13
按理说随着模拟进行盒子会逐渐缩小
画一个盒子尺寸随模拟时间的图,看看是否有缩小趋势。如果还在缩小,只 ...

好的 谢谢您

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发表于 Post on 2024-4-18 21:36:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-11 15:13
按理说随着模拟进行盒子会逐渐缩小
画一个盒子尺寸随模拟时间的图,看看是否有缩小趋势。如果还在缩小,只 ...

您好,老师,我想请教一下,我想降低温度跑npt,降低温度跑完npt之后,盒子变小了,有什么办法可以让盒子在x、y方向上不变吗?

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发表于 Post on 2024-4-19 05:30:16 | 只看该作者 Only view this author
hanmuhua 发表于 2024-4-18 21:36
您好,老师,我想请教一下,我想降低温度跑npt,降低温度跑完npt之后,盒子变小了,有什么办法可以让盒子 ...

半各项同性控压,XY方向可压缩系数设为0
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发表于 Post on 2024-9-23 17:02:11 | 只看该作者 Only view this author

你好,我也遇到这样的情况,我把tau_p从原来的2.0改为1.0可以不?[img][/img]

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发表于 Post on 2024-9-23 17:04:57 | 只看该作者 Only view this author
我的是分子聚集到四个角上去啦,不知道怎么搞的

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发表于 Post on 2024-9-25 20:37:47 | 只看该作者 Only view this author
有没有可能是你初始密度给的不合理,太小了。另外,确定参数是npt没错吗?
致广大而尽精微,极高明而道中庸。

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发表于 Post on 2025-6-16 10:03:36 | 只看该作者 Only view this author
抛开想象 发表于 2024-9-23 17:04
我的是分子聚集到四个角上去啦,不知道怎么搞的

你好请问你解决了吗

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