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[CP2K] 金属表面和有机溶剂两相界面跑AIMD结构跑散

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本帖最后由 wwp 于 2022-2-13 10:20 编辑

各位老师好!!!
我想请教一下通过MS中的amorphous cell功能和build layer模块建立金属表面和有机溶剂盒子的模型(类似于金属表面和水盒子的两相界面模型),密度也参考了溶剂的实际密度。一跑AIMD (用的是NVT),体系温度就上升到几万K,结构野散架了,请问这样的建模过程是哪里有问题吗?请各位老师指教一下。建好的模型如下,建金属表面和水盒子模型的时候也出现这个问题了,不知道该咋处理了。

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发表于 Post on 2022-2-13 13:45:45 | 只看该作者 Only view this author
先做能量极小化,看能否得到正常的结构
如果NVT一开始温度立马飚上去导致吸附的分子跑飞,调整控温相关设置
这个slab也太薄了,而且盒子也太窄了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-17 13:33:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-13 13:45
先做能量极小化,看能否得到正常的结构
如果NVT一开始温度立马飚上去导致吸附的分子跑飞,调整控温相关设 ...

sob老师 您好

您所说的 “先做能量极小化,看能否得到正常的结构”是指通过静态的结构优化来获得能量极小化的构型,还是通过分子动力学平衡的到的构型呢?

十分感谢您的指点

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发表于 Post on 2022-2-17 14:12:30 | 只看该作者 Only view this author
wwp 发表于 2022-2-17 13:33
sob老师 您好

您所说的 “先做能量极小化,看能否得到正常的结构”是指通过静态的结构优化来获得能量 ...

静态
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-17 16:41:23 | 只看该作者 Only view this author

sob老师

好的 谢谢老师

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发表于 Post on 2025-3-14 21:35:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wilesyu 于 2025-3-14 21:38 编辑

社长你好,我也在做这个体系,不过我得时金原子层和镍原子层相叠,最后也是要跑aimd。请问在结构优化时需要考虑Ni的磁性么?补充一下:之后的aimd需要进行升温的nvt和降温的npt,这两个过程是否也需要考虑磁性。

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发表于 Post on 2025-3-15 00:22:01 | 只看该作者 Only view this author
wilesyu 发表于 2025-3-14 21:35
社长你好,我也在做这个体系,不过我得时金原子层和镍原子层相叠,最后也是要跑aimd。请问在结构优化时需 ...

只要体系实际是有磁性特征的,无论什么计算原理上都应当考虑磁性,只不过对不同问题有的影响大有的影响小,但只要不考虑都会大概率被审稿人怼
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