怎么利用识别vmd画出来的分子轨道图来挑选casscf的活性轨道

banxia

我想利用casscf(6,6)计算己三烯的能量。想选取的6个活性轨道就是3个成键pai轨道和3个反键pai轨道。如下是先算出来的不可约表示和能量，取了双占据轨道和前几个空轨道画了轨道示意图。求问怎么从轨道视图来判断哪些是我想选取的这6个活性轨道。

sobereva

那叫pi不叫pai
取20,21,22,23,25,30
显然轨道必须在共轭平面上有节面，否则根本就不叫pi或pi*

biogon

可以用mokit自动选择活性空间做cas（6，6）

zjxitcc

不需要停下来可视化、看轨道、旋轨道，多步操作，费时费力，直接自动化计算即可。使用免费、开源的MOKIT程序（https://gitlab.com/jxzou/mokit）可以自动做，输入文件示例如下

1. %mem=8GB
   
2. %nprocshared=4
   
3. #p CASSCF/cc-pVDZ
   
4. 
   
5. mokit{}
   
6. 
   
7. 0 1
   
8. C    -6.797372   -0.334250   0.0
   
9. C    -5.639496    0.334250   0.0
   
10. C    -4.481620   -0.334250   0.0
    
11. C    -3.323744    0.334250   0.0
    
12. C    -2.165868   -0.334250   0.0
    
13. C    -1.007992    0.334250   0.0
    
14. H    -7.750000    0.215750   0.0
    
15. H    -6.797372   -1.434250   0.0
    
16. H    -5.639496    1.434250   0.0
    
17. H    -4.481620   -1.434250   0.0
    
18. H    -3.323744    1.434250   0.0
    
19. H    -2.165868   -1.434250   0.0
    
20. H    -0.055364   -0.215750   0.0
    
21. H    -1.007992    1.434250   0.0

复制代码

提交

1. automr hexatriene.gjf >& hexatriene.out &

复制代码

计算仅需1 min不到。算完后输出文件里有RHF/UHF/GVB/CASSCF电子能量、双自由基特征、未成对电子数等等。部分输出文件展示如下

1. E(CASCI)  =      -231.87191492 a.u.
   
2. E(CASSCF) =      -231.87562743 a.u.
   
3. ----------------------- Radical index -----------------------
   
4. biradical character   (2c^2) y0=  0.172
   
5. tetraradical character(2c^2) y1=  0.074
   
6. Yamaguchi's unpaired electrons  (sum_n n(2-n)      ):  1.0917
   
7. Head-Gordon's unpaired electrons(sum_n min(n,(2-n))):  0.5823
   
8. Head-Gordon's unpaired electrons(sum_n (n(2-n))^2  ):  0.2504
   
9. -------------------------------------------------------------

复制代码

hexatriene_uhf_gvb16_CASSCF_NO.fch里面就是CASSCF(6,6)的自然轨道 和 自然轨道占据数，可以直接用GaussView或Multiwfn+VMD观看。注意我没在输入文件里指定CASSCF(6,6)，程序可以自动算出来、自动指定。部分自然轨道展示



MOKIT默认调用PySCF程序做CASSCF计算，它很多时候是最快的。如果你想换用Molpro算，就在输入文件里改成mokit{CASSCF_prog=Molpro}。

banxia

sobereva 发表于 2022-2-15 06:47
那叫pi不叫pai
取20,21,22,23,25,30
显然轨道必须在共轭平面上有节面，否则根本就不叫pi或pi*

谢谢sob老师的指正！非常感谢！感觉明白了些！

banxia

biogon 发表于 2022-2-15 09:46
可以用mokit自动选择活性空间做cas（6，6）

谢谢！我去研究一下您说的mokit!

banxia

zjxitcc 发表于 2022-2-15 10:07
不需要停下来可视化、看轨道、旋轨道，多步操作，费时费力，直接自动化计算即可。使用免费、开源的MOKIT程 ...

好的！太谢谢了！我去看看，如果后续有问题还希望您可以多多指正！