求助关于GAFF力场构建PF6-拓扑文件的问题

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-16 20:44:54

Aristotler 发表于 2022-2-16 20:40
总觉得科研界还是要多有卢老师这样的指导者，业界良心。对于我们这种完全靠自己、没有人带领的年轻老师或 ...

目前暂且引用成诸如：Tian Lu, Sobtop Version 1.0, http://sobereva.com/soft/Sobtop (accessed on Jul-16, 2022)

目前这个只是测试版，还有些功能和特性打算近期加进去后再作为正式版发布，并且届时会给个完整的手册，并写个介绍帖子。并且也打算写个介绍paper发出去，等什么时候paper发表了就可以引用paper了。

tjuptz · 发表于 Post on 2022-2-16 20:55:46

sobereva 发表于 2022-2-16 09:57
明显是你的拓扑文件有问题。

使用我最近开发的Sobtop程序可以轻而易举地产生这个体系的高质量的拓扑文件 ...

卢老师，sobtop中的非键参数如何获取的呢？

Aristotler · 发表于 Post on 2022-2-16 21:05:20

sobereva 发表于 2022-2-16 20:44
目前暂且引用成诸如：Tian Lu, Sobtop Version 1.0, http://sobereva.com/soft/Sobtop (accessed on Jul- ...

好的，期待老师的文章，到时候多引用

牧生 · 发表于 Post on 2022-2-16 21:45:39

sobereva 发表于 2022-2-16 20:44
目前暂且引用成诸如：Tian Lu, Sobtop Version 1.0, http://sobereva.com/soft/Sobtop (accessed on Jul- ...

非常期待。我用acpype得到的CTAB和水杨酸钠的itp，并用resp电荷替换了原来的电荷，但要在很高浓度(500mmol以上)才能看到形成棒状胶束。我也不知道问题在哪。

对比了一下sobtop得到的CTAB的itp的参数，和acpype得到的有部分非常接近，也有一部分参数差距较大，期望sobtop得到的参数可以满足我的预期。

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-17 08:36:18

tjuptz 发表于 2022-2-16 20:55
卢老师，sobtop中的非键参数如何获取的呢？

看你在Sobtop里怎么选
一般建议选成优先用GAFF原子类型（因此GAFF的非键参数），对于GAFF没有的元素或原子类型判断失败的情况让Sobtop指认UFF力场的LJ参数

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-17 08:37:24

牧生发表于 2022-2-16 21:45
非常期待。我用acpype得到的CTAB和水杨酸钠的itp，并用resp电荷替换了原来的电荷，但要在很高浓度(500mmo ...

如果让Sobtop全用GAFF参数的话，得到的拓扑文件内容和acpype一般情况是完全相同的

tjuptz · 发表于 Post on 2022-2-17 09:29:57

sobereva 发表于 2022-2-17 08:36
看你在Sobtop里怎么选
一般建议选成优先用GAFF原子类型（因此GAFF的非键参数），对于GAFF没有的元素或原 ...

明白了，期待正式发布

ggdh · 发表于 Post on 2022-2-20 16:44:10

本帖最后由 ggdh 于 2022-2-20 16:46 编辑

Entropy.S.I 发表于 2022-2-16 17:51
感觉要和钟叔卷起来了呀，Sobtop有傻瓜式拟合二面角的功能吗

我决定直接投降, ztop可以更多的去开发大分子方向的功能, 并且还可以调用sobtop(肯定要强调来源的并要求合理引用...), 现在ztop调用的ambertools肯定没有sobtop robust

Yaohui · 发表于 Post on 2022-3-14 21:46:49

想请教一下,原来碰见和楼主一样的问题，后来单独用sobtop把PF6的参数重新构造了一下，然后就只是把原GMX中输入文件中PF6的itp文件换成了sobtop产生的，其他的还是用acpype产生的（体系多，没有一一改），这样混合使用是不能跑吗，我在做极小化的时候PF6离子都散了，不知道是什么问题，请指教。

Aristotler · 发表于 Post on 2022-3-17 07:42:57

Yaohui 发表于 2022-3-14 21:46
想请教一下,原来碰见和楼主一样的问题，后来单独用sobtop把PF6的参数重新构造了一下，然后就只是把原GMX中 ...

请详细说明吧，补充下信息。我利用sobtop构建后是可以用的，也是和你一样的方法

Kangtor · 发表于 Post on 2022-3-17 11:33:25

你这个就是 angle项没弄对导致的，因为F-P-F有180度和90度角的区分。修改一下angle项即可

Yaohui · 发表于 Post on 2022-3-18 19:57:01

Aristotler 发表于 2022-3-17 07:42
请详细说明吧，补充下信息。我利用sobtop构建后是可以用的，也是和你一样的方法

谢谢回复，在公社qq群里向卢老师请教了这个问题，最后得出的结论是，一开始高斯输入文件没有让PF6保持高度对称的oh点群，造成优化的离子结构稍微偏离了点180度键角，从而使得DRIH计算出来的键角参数有比较大的差异。

suhui · 发表于 Post on 2022-12-24 20:25:53

PF6- 一共有15个角，分别是12个 90° F-P-F 和三个 180° F-P-F，其中三个180° F-P-F 一般忽略不应用力场。具体参考这篇文献：Borodin O, Smith G D, Jaffe R L. Ab initio quantum chemistry and molecular dynamics simulations studies of LiPF6/poly (ethylene oxide) interactions[J]. Journal of Computational Chemistry, 2001, 22(6): 641-654.

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