idpp.py脚本生成过渡态文件报错

404039756 · 发表于 Post on 2022-2-20 17:29:07

卡开发发发表于 2022-2-20 05:42
我单独把arc文件当中首尾两帧挑出来，然后用ase调用Atoms.wrap()将全部原子移动到晶格内，首尾两个结构完 ...

没事，这种情况我就用线形插值先跑下

静哥哥 · 发表于 Post on 2022-6-10 17:44:42

您好，请问这个脚本怎么用啊，按照这个网页试了下，好像没有结果产生。python makeneb.py -i 初始末尾poscar -n 4 --method idpp --optimizer BFGS -o

静哥哥 · 发表于 Post on 2022-6-10 19:04:35

卡开发发发表于 2022-2-20 05:42
我单独把arc文件当中首尾两帧挑出来，然后用ase调用Atoms.wrap()将全部原子移动到晶格内，首尾两个结构完 ...

卡开发发老师，您好。我想找您请教两个问题
1、在算有阴离子空位时，钙钛矿结构里阳离子迁移到临近八面体间隙位，发现移动阳离子会导致周边阴离子位置变化较大，导致结构一直不收敛，前后结果检查了很多遍，没有问题，也尝试了用IOPT=1 3 7，都不收敛。而没有阴离子空位时阳离子迁移收敛很快。所以我考虑是不是插点有问题，因此想到使用idpp.py。但是研究了下发现不会用。
2、按照“使用ASE实现idpp方法插值NEB路径”一文中，比如我有初始和末态poscar，命令为IS 和FS。请问我需要产生插点，是这样用吗：python3 makeneb.py -i IS FS -n 5 --method idpp --optimizer BFGS 。每次这样调用，就会弹出使用帮助窗口，程序无法执行。所以向您请教下，麻烦了。

卡开发发 · 发表于 Post on 2022-6-10 20:54:07

静哥哥发表于 2022-6-10 19:04
卡开发发老师，您好。我想找您请教两个问题
1、在算有阴离子空位时，钙钛矿结构里阳离子迁移到临近八面 ...

可以把IS和FS传来看看。

静哥哥 · 发表于 Post on 2022-6-11 08:43:24

本帖最后由静哥哥于 2022-6-11 10:25 编辑

卡开发发发表于 2022-6-10 20:54
可以把IS和FS传来看看。

卡发老师，请见下帖，我把poscar、incar等都上传了，麻烦您了

静哥哥 · 发表于 Post on 2022-6-11 10:24:54

卡开发发发表于 2022-6-10 20:54
可以把IS和FS传来看看。

卡发老师，我发现的确有问题，我的模型是wo3做了222扩胞，然后去掉一个O得到初始结构并进行了优化。让后将空位处的W原子手动移到临近八面体位置，并进行了结构优化，得到了末态POSCAR.

用dist,pl计算距离大概3.7，因此我插入了4个点，用nebavoid.pl 使最小距离大于0.8，然后进行cineb计算。cineb我一般都是分成低中高三步，逐步优化，但是我发现跑了一晚上才跑了32步。我是8375的配置，64核，平时一样的结构跑CINEB，也就十几个小时左右就跑完了。今天这个的确有问题，麻烦您帮忙看看。多谢了。

卡开发发 · 发表于 Post on 2022-6-11 10:47:17

静哥哥发表于 2022-6-11 10:24
卡发老师，我发现的确有问题，我的模型是wo3做了222扩胞，然后去掉一个O得到初始结构并进行了优化。让后 ...

你试试看makeneb.py -i ISPOSCAR FSPOSCAR -n 5 --method idpp
-i后面的文件名要按照你实际的反应物和产物的POSCAR文件名设置。
最好是加上-o的参数，会产生XDATCAR轨迹记录路径。之后用ase gui XDATCAR查看产生的结果，如果原子没有匹配再用其他程序进行调整。

静哥哥 · 发表于 Post on 2022-6-11 11:12:27

本帖最后由静哥哥于 2022-6-11 11:16 编辑

卡开发发发表于 2022-6-11 10:47
你试试看makeneb.py -i ISPOSCAR FSPOSCAR -n 5 --method idpp
-i后面的文件名要按照你实际的反应物和产 ...

开发老师，请问下，我按照您的提示输入后会出现以下问题，请问这怎么解决呢

静哥哥 · 发表于 Post on 2022-6-11 11:17:39

卡开发发发表于 2022-6-11 10:47
你试试看makeneb.py -i ISPOSCAR FSPOSCAR -n 5 --method idpp
-i后面的文件名要按照你实际的反应物和产 ...

我是python3.6.5，这个有关系吗

卡开发发 · 发表于 Post on 2022-6-11 11:41:08

静哥哥发表于 2022-6-11 11:17
我是python3.6.5，这个有关系吗

我这边用你的结构是能正常进行的，也许是python版本问题也可能是ase版本问题。你可以把主程序部分的try except结构去除，只留下try下面的部分看看报什么样的错误。这个程序只是提供一种解决思路，并不打算做完善。

静哥哥 · 发表于 Post on 2022-6-11 17:30:09

卡开发发发表于 2022-6-11 11:41
我这边用你的结构是能正常进行的，也许是python版本问题也可能是ase版本问题。你可以把主程序部分的try e ...

好的，谢谢卡发老师，我在研究研究

zorow · 发表于 Post on 2022-8-9 15:06:22

静哥哥发表于 2022-6-11 11:12
开发老师，请问下，我按照您的提示输入后会出现以下问题，请问这怎么解决呢

我也遇到了这个问题，但是貌似非线性插点还是成功了

Jalyn · 发表于 Post on 2023-3-30 11:59:28

静哥哥发表于 2022-6-11 17:30
好的，谢谢卡发老师，我在研究研究

请教楼主这个问题最后怎么解决的呢

xmuqyj · 发表于 Post on 2023-4-23 21:34:43

您好，用您的脚本，出现loop到1000不收敛啊

wangchaolong · 发表于 Post on 2023-6-3 10:43:02

卡开发发发表于 2022-2-16 10:53
你可以把两个结构也带上来，我看看根据实际情况有时间对这个idpp.py调整下。

老师你好，idpp.py这个脚本运行需要Python的程序，我怎么在vasp上安装python呢？安装哪个版本？我有点懵

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[VASP] idpp.py脚本生成过渡态文件报错