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[GROMACS] 含Cl原子的氢键寿命如何计算

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想要计算氯化胆碱+甘油形成的低共熔溶剂中不同类型氢键的氢键寿命,已知该体系中大部分氢键是由Cl形成的,但是好像记得gmx hbond -life只能识别N和O作为氢键受体的氢键,那应该怎么计算Cl原子形成的氢键呢?

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发表于 Post on 2022-2-24 10:56:44 | 只看该作者 Only view this author
靠VMD自写脚本统计氢键寿命
要么改gmx源代码,令其支持Cl作为氢键受体
一些第三方的轨迹分析库可能也有现成的氢键寿命分析功能,需要自己写一些代码才能用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-24 17:32:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-24 10:56
靠VMD自写脚本统计氢键寿命
要么改gmx源代码,令其支持Cl作为氢键受体
一些第三方的轨迹分析库可能也有现 ...

好的老师,那不同组分之间的相互作用能如何计算呢?如下图这样,我是用gmx energy -f md.edr,无法选择组分

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发表于 Post on 2022-2-24 21:16:54 | 只看该作者 Only view this author
二饼妹 发表于 2022-2-24 17:32
好的老师,那不同组分之间的相互作用能如何计算呢?如下图这样,我是用gmx energy -f md.edr,无法选择组 ...

mdp里设置能量组,跑出来的edr里才有各个组的能量,才能用gmx energy提取
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-25 09:29:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 二饼妹 于 2022-2-25 10:53 编辑
sobereva 发表于 2022-2-24 21:16
mdp里设置能量组,跑出来的edr里才有各个组的能量,才能用gmx energy提取

老师,我重新跑了一个体系,但提取的值除了CHO-CHO为负值之外,其余均为0,如图1,2,3所示,这是为什么呢?CHO:氯化胆碱阳离子;Cl:氯离子;ETG:乙二醇分子以下是修改后的mdp参数如下:
define =
integrator = md
dt         = 0.002
nsteps     = 5000000
comm-grps  = system
energygrps = CHO Cl ETG SOL
cos-acceleration = 0.05
;
nstxout = 1000
nstvout = 1000
nstfout = 1000
nstlog  = 1000
nstenergy = 100
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype   = cut-off
rcoulomb      = 2.5
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 2.5
DispCorr      = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t   = 1.0 1.0 1.0 1.0
tc_grps = CHO Cl ETG SOL
ref_t   = 313.15 313.15 313.15 313.15
;
Pcoupl     = Berendsen
pcoupltype = isotropic
tau_p = 1.0
ref_p = 1.0
compressibility = 4.5e-5
;
gen_vel  = no
gen_temp = 313.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim   =
constraints = hbonds
constraint_algorithm     = lincs         
lincs_order              = 4            
lincs_warnangle          = 30
morse                    = no
lincs_iter               = 1  


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二饼妹 发表于 2022-2-25 09:29
老师,我重新跑了一个体系,但提取的值除了CHO-CHO为负值之外,其余均为0,如图1,2,3所示,这是为什么 ...

去掉cos-acceleration之类多余的再试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-25 17:35:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-25 11:17
去掉cos-acceleration之类多余的再试

老师,我试了一下,仍然为0

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-26 11:44:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-25 11:17
去掉cos-acceleration之类多余的再试

老师,是不是因为在gpu版本下相互作用能就是0,但是如果这样的话一个岂不是要跑好久才出来结果?

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发表于 Post on 2022-2-26 16:13:14 | 只看该作者 Only view this author
二饼妹 发表于 2022-2-26 11:44
老师,是不是因为在gpu版本下相互作用能就是0,但是如果这样的话一个岂不是要跑好久才出来结果?

跑动力学时候用GPU版,设能量组rerun的时候用CPU版。
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本帖最后由 二饼妹 于 2022-2-26 16:31 编辑
sobereva 发表于 2022-2-26 16:13
跑动力学时候用GPU版,设能量组rerun的时候用CPU版。

老师那计算相互作用rerun一般跑几ns就可以了呢?(原先的NPT是跑了10ns)
rerun也是接着能量最小化之后跑是吧?

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二饼妹 发表于 2022-2-26 16:29
老师那计算相互作用rerun一般跑几ns就可以了呢?(原先的NPT是跑了10ns)
rerun也是接着能量最小化之后跑 ...

rerun花不了什么时间,一遍也就是几千、几万帧而已,耗时和当初跑轨迹相比不值得一提。原本轨迹跑了多少帧就rerun多少帧(当然,通常取已经平衡的部分rerun)

是否做能量极小化完全看你的目的。如果就是想考察实际MD中的相互作用能显然没必要做能量极小化。
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