Gromacs如何把线程绑定到12代CPU大核心运行？

夏一天

各位大神，我用12700f 运行 Gromacs2020.6，发现无论gmx mdrun -deffnm md -nt 8 -pin on 或 -pinoffset 0 或联用等命令都无法绑定到8个逻辑大核心，反而经常随机分配到4个小核心运行。
请教应该如何输入gmx 命令才能固定到8个大核心呢？

Entropy.S.I

什么环境，Linux还是Windows？Windows下gmx的-pin on和摆设差不多。
关小核也是个办法

paramecium86

从我目前测试的Gaussian ORCA GMX （前几天测的Gromacs，关掉小核心比开着快接近一倍）结果来看。除了win版的ORCA5以外 其他计算关掉小核心都能对计算或多或少有提升。

夏一天

Entropy.S.I 发表于 2022-2-24 22:25
什么环境，Linux还是Windows？Windows下gmx的-pin on和摆设差不多。
关小核也是个办法

是Windows版的，确实感觉-pin on不起作用，Linux的管事？
我这BIOS无法设置关小核，所以还有其他办法没？谢谢！

夏一天

paramecium86 发表于 2022-2-24 22:41
从我目前测试的Gaussian ORCA GMX （前几天测的Gromacs，关掉小核心比开着快接近一倍）结果来看。除了win版 ...

是，感觉线程到了大核心明显比小核心快很多。12代CPU中的小核明显是个拖累，早知买i512400了

paramecium86

夏一天 发表于 2022-2-25 08:22
是，感觉线程到了大核心明显比小核心快很多。12代CPU中的小核明显是个拖累，早知买i512400了

哈哈 唉 我买的是12900k.。。。。测完就已经觉得如此了。。

夏一天

paramecium86 发表于 2022-2-25 10:53
哈哈 唉 我买的是12900k.。。。。测完就已经觉得如此了。。

哈哈！唉！被小核忽悠了！

Entropy.S.I

夏一天 发表于 2022-2-25 08:19
是Windows版的，确实感觉-pin on不起作用，Linux的管事？
我这BIOS无法设置关小核，所以还有其他办法没 ...

说不好听的，跑MD用Win简直是自取其辱，同样硬件条件，Win只有Linux不到1/3的性能。赶紧用Linux吧，gmx很容易编译

abin

是看了一堆什么装机猿或者CPU跑分数据,
然后采购的intel 12代处理器吧?

大小核的设计方案, 根本就不是给科学计算场景使用的.

科学计算场景要求的是,
核心多, 内存通道多, 内存带宽高.

既然是并行, 核心一样快最好了.
否则木桶短板效应, 所有的核心都会被慢的核心拖累....

性能最差的小核, 就成了害群之马了.

夏一天

Entropy.S.I 发表于 2022-2-25 14:16
说不好听的，跑MD用Win简直是自取其辱，同样硬件条件，Win只有Linux不到1/3的性能。赶紧用Linux吧，gmx很 ...

是的，主要是用win平台的显卡加速，linux可以用，但需要折腾！

夏一天

abin 发表于 2022-2-25 14:21
是看了一堆什么装机猿或者CPU跑分数据,
然后采购的intel 12代处理器吧?

嗯，非常认同你的观点，被12代忽悠了，后悔啊！

snljty

夏一天 发表于 2022-2-25 08:19
是Windows版的，确实感觉-pin on不起作用，Linux的管事？
我这BIOS无法设置关小核，所以还有其他办法没 ...

问一下这是啥主板？

夏一天

snljty 发表于 2022-2-25 16:50
问一下这是啥主板？

我这是制定的B660丐板，要买Z690的，可随意关小核。

paramecium86

abin 发表于 2022-2-25 14:21
是看了一堆什么装机猿或者CPU跑分数据,
然后采购的intel 12代处理器吧?

首发预购买12900+z690套装的，我连大带宽的内存都没用上，ddr5 缺货的厉害。看评测的时候cpu就在路上。就想看看线程调度器这玩意对搞计算的咋样。反正试完了 就知道幸亏没咬牙买ddr5的，这性能实在不太行。就靠8个大核 连5900x都赶不上。

fhh2626

Entropy.S.I 发表于 2022-2-25 14:16
说不好听的，跑MD用Win简直是自取其辱，同样硬件条件，Win只有Linux不到1/3的性能。赶紧用Linux吧，gmx很 ...

没有那么大的差别，win大概比linux慢20%左右，如果是在日常用的机器上装的话可以接受的