淀粉、蛋白、多酚三者在一定的条件下的分子间相互作用模拟的问题

大王雷 · 发表于 Post on 2022-2-26 22:00:02

请问各位老师，淀粉、蛋白、多酚三者在一定的温度、pH、离子强度、水分条件下的分子间相互作用，用分子模拟怎样开展呢？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-27 00:25:56

照常构建拓扑文件和初始结构跑动力学
温度直接设置
pH通常通过质子化态的选取来体现
离子强度通过加恰当量的离子体现
跑出来轨迹再根据实际情况考虑分析什么以及怎么分析

大王雷 · 发表于 Post on 2022-2-27 08:58:30

sobereva 发表于 2022-2-27 00:25
照常构建拓扑文件和初始结构跑动力学
温度直接设置
pH通常通过质子化态的选取来体现

好的，谢谢老师，请问有稍微具体一些的参考么

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-2-27 16:06:43

大王雷发表于 2022-2-27 01:58
好的，谢谢老师，请问有稍微具体一些的参考么

但凡追问“能不能说得具体一点”，显然要说清楚，你希望哪句话的哪个词要具体一点。这是提问的基本礼节。不然回答者岂不是要把每个词都展开说，白浪费回答者的时间。如果每句话的每个词都嫌不够具体，那一般意味着你要先自己去搜这些关键词，补补对应的知识，才能再来问。

日月明 · 发表于 Post on 2023-12-2 10:54:37

您好，目前我正开始学习用分子模拟方法研究淀粉和蛋白质在一定条件下的相互作用，想向您请教一下如何获取淀粉的结构文件呢？因为我了解到蛋白质和小分子一般可以在数据库获取，但是淀粉、直链淀粉等好像需要自己绘制，想请教一下您淀粉结构文件的获取途径和方法。

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[综合交流] 淀粉、蛋白、多酚三者在一定的条件下的分子间相互作用模拟的问题