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[综合交流] 请问能不能通过聚合物的特定原子扩散来表征聚合物链的柔性?

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请问能不能通过聚合物的特定原子扩散来表征聚合物链的柔性?

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发表于 Post on 2022-2-28 00:43:21 | 只看该作者 Only view this author
不够直接
用RMSF衡量合适得多
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发表于 Post on 2022-2-28 13:01:53 | 只看该作者 Only view this author
可以通过均方回转半径和均方末端距(线性链)来进行判断。
柔性好,均方回转半径和均方末端距就小

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-1 21:09:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-28 00:43
不够直接
用RMSF衡量合适得多

sob老师,审稿人说的是通过特定原子的扩散计算聚合物柔性。我查了下您说的RMSF好像计算的是残基的波动,能够表征柔性,但不是特定原子的扩散,请问sob老师您说的RMSF是和审稿人提问的说法是一样的吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-1 21:17:32 | 只看该作者 Only view this author
Kangtor 发表于 2022-2-28 13:01
可以通过均方回转半径和均方末端距(线性链)来进行判断。
柔性好,均方回转半径和均方末端距就小

谢谢,这是审稿人提的计算方式

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发表于 Post on 2022-3-2 02:51:14 | 只看该作者 Only view this author
zhangguangxu 发表于 2022-3-1 21:09
sob老师,审稿人说的是通过特定原子的扩散计算聚合物柔性。我查了下您说的RMSF好像计算的是残基的波动, ...

不一样
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-3-2 10:30:21 | 只看该作者 Only view this author
zhangguangxu 发表于 2022-3-1 21:17
谢谢,这是审稿人提的计算方式

说明审稿人没学过高分子物理,你可以提一下相关内容。

高分子的柔性来源于构象转变,可以通过分子链尺寸相关物理量(均方末端距和回转半径)来表征

或者 空间位阻参数,高分子无扰尺寸和Flory特征比。

以上探讨的叫做 静态柔顺性。

你需要区分一下动态柔顺性。

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发表于 Post on 2022-3-2 14:24:16 | 只看该作者 Only view this author
Kangtor 发表于 2022-3-2 10:30
说明审稿人没学过高分子物理,你可以提一下相关内容。

高分子的柔性来源于构象转变,可以通过分子链尺 ...

请教一下,怎么在3维的PBC下计算Rg。
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发表于 Post on 2022-3-2 17:59:53 | 只看该作者 Only view this author
EdwardLimit 发表于 2022-3-2 14:24
请教一下,怎么在3维的PBC下计算Rg。

我记得VMD的tcl手册上有相关脚本编写的方法

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-2 21:25:26 | 只看该作者 Only view this author
Kangtor 发表于 2022-3-2 10:30
说明审稿人没学过高分子物理,你可以提一下相关内容。

高分子的柔性来源于构象转变,可以通过分子链尺 ...

好的,谢谢你

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