计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] 使用CP2K结合Multiwfn对周期性体系模拟UV-Vis光谱和分析电子激发态

[复制链接 Copy URL]

32

帖子

0

威望

253

eV
积分
285

Level 3 能力者

31#
发表于 Post on 2022-3-18 00:47:02 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我在模仿老师该文的方法计算一些晶体的吸收光谱时,在读取了纯泛函的波函数后出现这样的报错
*** WARNING in qs_mo_io.F:786 :: The number of MOs on the restart unit is ***
*** greater than the number of the allocated MOs. The read MO set will be ***
*** truncated!  
请教一下老师这可能是什么原因,该怎么解决呢?谢谢老师

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

32#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-18 06:56:35 | 只看该作者 Only view this author
qq870624836 发表于 2022-3-18 00:47
老师好,我在模仿老师该文的方法计算一些晶体的吸收光谱时,在读取了纯泛函的波函数后出现这样的报错
***  ...
没细节没法说

记得TDDFT部分不要restart。只对SCF部分基于纯泛函的wfn文件restart
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

10

帖子

0

威望

692

eV
积分
702

Level 4 (黑子)

33#
发表于 Post on 2022-3-19 10:27:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-3 15:47
在晶体中,分子间的电荷转移激发可能会导致多出来很多能量不高的激发态,特别是当晶胞取大了的时候,高能 ...

谢谢老师,我试了一下,如果取一个团簇的话,周围的一些分子会跑散,请问是不是要把周围的分子固定住呀?这样会对空穴-电子分析有影响吗?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

34#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-20 14:13:36 | 只看该作者 Only view this author
kkyle 发表于 2022-3-19 10:27
谢谢老师,我试了一下,如果取一个团簇的话,周围的一些分子会跑散,请问是不是要把周围的分子固定住呀? ...

我不知道你说的是什么过程中跑散
用簇模型一般都是要固定边界原子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

10

帖子

0

威望

692

eV
积分
702

Level 4 (黑子)

35#
发表于 Post on 2022-3-20 22:35:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-20 14:13
我不知道你说的是什么过程中跑散
用簇模型一般都是要固定边界原子

谢谢老师,跑散了是指做结构优化的时候散了,目前是72个原子,请问算间接带隙(分子间电荷转移激发)需要算多少态呀?目前算了50个态还是只有分子内的激发

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

36#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-21 07:19:03 | 只看该作者 Only view this author
kkyle 发表于 2022-3-20 22:35
谢谢老师,跑散了是指做结构优化的时候散了,目前是72个原子,请问算间接带隙(分子间电荷转移激发)需要 ...

直接算带隙就完了,根本不需要做TDDFT
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

32

帖子

0

威望

253

eV
积分
285

Level 3 能力者

37#
发表于 Post on 2022-3-29 10:29:42 | 只看该作者 Only view this author
老师好,对优化后的激发态构型计算了发射能,出现了几个峰我要绘制PL谱只保留一个峰吗?要保留哪个峰呢

32

帖子

0

威望

253

eV
积分
285

Level 3 能力者

38#
发表于 Post on 2022-4-15 17:09:37 | 只看该作者 Only view this author
老师在文中提到“CP2K的TDDFT计算时不能考虑k点,所以如果想更准确计算吸收光谱的话建议将体系复制成超胞”,我想请教一下这个超胞该构建成什么尺寸呢,比如我的晶体是5.6,5.6,7.0.由于是二维材料我添加了真空层晶格参数变成了5.6,5.6,22.0。那么我该怎么扩胞呢?是扩成4*4*1吗?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

39#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-15 19:31:04 | 只看该作者 Only view this author
qq870624836 发表于 2022-4-15 17:09
老师在文中提到“CP2K的TDDFT计算时不能考虑k点,所以如果想更准确计算吸收光谱的话建议将体系复制成超胞” ...

4*4*1可以
如果算着吃力,3*3*1勉强可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

32

帖子

0

威望

253

eV
积分
285

Level 3 能力者

40#
发表于 Post on 2022-4-15 23:08:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-15 19:31
4*4*1可以
如果算着吃力,3*3*1勉强可以

谢谢老师

6

帖子

0

威望

161

eV
积分
167

Level 3 能力者

41#
发表于 Post on 2022-7-21 16:35:05 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,我借鉴您这种方法,用B3LYP算UV-vis,出现报错“ Only purification method NONE is possible with TDDFT at the moment”,请问这是什么意思,要怎么解决那??

273636-222-B3LYP_TDDFT.inp

37.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

273636-222-B3LYP_TDDFT.out

10.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

273636-222-B3LYP_optH-pos-1.cif

59.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

42#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-21 18:08:12 | 只看该作者 Only view this author
小小溪 发表于 2022-7-21 16:35
sob老师好,我借鉴您这种方法,用B3LYP算UV-vis,出现报错“ Only purification method NONE is possible w ...

ADMM_PURIFICATION_METHOD后面改成NONE
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

6

帖子

0

威望

161

eV
积分
167

Level 3 能力者

43#
发表于 Post on 2022-7-21 18:48:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-21 18:08
ADMM_PURIFICATION_METHOD后面改成NONE

哦哦哦,好的好的,非常感谢sob老师

6

帖子

0

威望

161

eV
积分
167

Level 3 能力者

44#
发表于 Post on 2022-7-22 15:42:48 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好,我在计算的时候报错“derivatives bigger than 1 do not work correctly  ”,已查询cp2k论坛,做了一些尝试,仍然这样报错,希望sob老师看看是怎么回事,要怎么改那,谢谢老师。

273636-222-B3LYP_TDDFT.inp

37.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

273636-222-B3LYP_TDDFT.out

25.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

45#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-22 20:05:03 | 只看该作者 Only view this author
小小溪 发表于 2022-7-22 15:42
sob老师,您好,我在计算的时候报错“derivatives bigger than 1 do not work correctly  ”,已查询cp2k论 ...

不好说
到CP2K官方论坛问问。也可以从源代码里搜索报错找找导致问题的线索。如果当前关键词算其它体系可以成功,唯独这个不行,也说不定是收敛的波函数有问题;如果当前算关键词算其它的一律都不成功,尝试反复修改关键词
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 06:43 , Processed in 0.191566 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list