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[GROMACS] 伞状抽样将分子往界面上拉的出现错误

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在采用伞状抽样拉力设置过程中(拉力文件在附件中),我是将分子往界面上拉的,可是我发现分子还没到界面上,就出现如下图所示错误,但是我之前也没遇到过,更改了一些参量,比如把拉力增大,可是都没用,请问各位老师,这个有什么解决方法吗?



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发表于 Post on 2022-3-2 09:41:20 | 只看该作者 Only view this author
一般是拉的方向不对,或者拉的距离有问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-2 10:05:48 | 只看该作者 Only view this author
dongdong 发表于 2022-3-2 09:41
一般是拉的方向不对,或者拉的距离有问题

感谢老师,我看了一下我的轨迹,拉的方向应该没问题,分子有向界面移动的趋势,但是分子还没到界面,就出现这个错误

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发表于 Post on 2022-3-2 10:12:52 | 只看该作者 Only view this author
17865328994 发表于 2022-3-2 10:05
感谢老师,我看了一下我的轨迹,拉的方向应该没问题,分子有向界面移动的趋势,但是分子还没到界面,就出 ...

把盒子弄大一点?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-2 10:15:26 | 只看该作者 Only view this author
dongdong 发表于 2022-3-2 10:12
把盒子弄大一点?

好的老师,我先试试把盒子弄大一点,感谢老师

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发表于 Post on 2022-3-2 10:50:07 | 只看该作者 Only view this author
发帖时务必注意恰当填写标题!
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 8&fromuid=19420
(出处: 计算化学公社)
每次都有很多人乱填标题乱填分组,给社长增加大量工作量
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2022-3-2 16:19:55 | 只看该作者 Only view this author
发帖时候看清楚板块再发!
普通学术求助帖发到北京科音培训班的板块干嘛?下次再乱发帖直接删帖扣分。这次给你记违规了

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“伞状抽样”改了,以后务必注意,下次将删帖+扣分处理。

发帖时候必须守规矩,不要给管理员添麻烦、扰乱论坛秩序
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2022-3-2 16:21:33 | 只看该作者 Only view this author

每天我都得花好多时间手工一个个修改严重不合理标题(新帖超过半数我都得改),以及移动那些乱找地方发的帖子。真是怎么提示都不听,真是很烦人

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北大-陶豫 + 5 我很赞同

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