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[Lammps] packmol输出文件.pbd怎么加力场并转化为LAMMPS可读取的date文件呢?

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Level 4 (黑子)

各位老师好,我看到有位老师16年发过的一个回答:“先用guassian 输出一个分子的.pdb文件,其中有成键情况,再用packmol利用guassian生成的一个分子的.pdb建模,然后用moltemplate写入立场文件输出data文件”
请问我现在已经用Gaussview建立了分子文件,并用packmol建立了.pbd文件,请问下一步力场文件怎么写入,并转化为LAMMPS可读入的date文件呢呢?


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发表于 Post on 2022-5-23 01:24:29 | 只看该作者 Only view this author
同问,vmd导出的data文件里有原子类型,没有参数,不知道angle-coeffs怎么写

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3#
发表于 Post on 2022-6-24 14:47:24 | 只看该作者 Only view this author
这得看要写入哪种力场参数吧。如果写入moltemplate直接支持的OPLS-AA的话,直接写个lt脚本就行吧。

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